云山石室是由三四块巨石的上端纵横互叠,顶部缝隙用石片塞就而成的。洞内地面平坦,宽3米,深5米余,可容20余人。洞内右侧,有一弧形石室,对面有三块方形石块,可做石凳,石室内冬暖夏凉,清幽异常。洞口有明路振飞镌刻“盘涧”,又有黄道周亲笔题写的“云山石室” 四个大字,字长160公分,宽50公分,苍劲有力。洞口有清巡抚潘思渠立的石坊,南面横镌楷书“黄
石斋先生读书处”,北面额书“高山仰止”。对联:“仰止高山已表儒林首出,朔游学海群推道岸先生。”每联长1.45米,宽0.25米。清乾隆十六年(1751)立,对联赞颂了黄道周的道德文章。
倚石观海,睹室思人,常令游客慷慨悲歌!所以使然者,其一,慨叹此处江山之壮丽,碧波浩荡,绿岛点缀;宝塔高危,古城巍峨,可谓绝无仅有。其二,慨叹伟人成才之不易。这崇祯朝最饱学之士,首辅第一号候选人(惜其过于耿直,终没有入选),其成才条件却是如此简陋。其三,是地灵,方有人杰。哲人受如此壮丽山河之灵气岁熏月陶。哲人虽惜其命,更惜江山、更惜真理。所以,在外族入侵,山河破碎之时,在真理玷污之时,尚若与生命不可兼得,哲人必如孟子所言,舍生而取义也。
民国初年巡按使许世英南巡至此,有《访黄石斋先生读书石室》诗曰:“奇峰怪石钟灵气,大海共涛姿远观,天与斯人存正义,心伤王业未偏安。谈经早具千秋想,入室今犹六月寒;怅望空门一洒泪,曩时谁复共艰难。”怅然感怀至极!