抗日时期，日军进驻
五台山地区，铁匠鲁志成救下险些被日军非礼的杨万凤，因搏斗中砸死数名日军，鲁志成心生畏惧，逃回老家，哪知家人已被日军屠杀，愤而杀敌，被日军围追堵截，逃上五台山，杨万凤一路追随。二人先后在寺庙和尼庵暂时安身，方丈明空允许让鲁志成在伙房帮忙。日军联队队长柳生霸川为寻鲁志成下落，在寺前以比武之名大开杀戒，妄图入寺盗取镇寺之宝。日本僧人静云和尚以礼佛为由进入寺庙。
八路军团长富大龙受命带
兵工厂政委田英，厂长魏红军，副厂长傅卫国受命选址兵工厂，途中遭遇日军阻击，鲁志成拔刀相助，救下了田英，带其躲进寺庙，日军杀进寺庙，静云和尚出面劝退日军。军统特务残月假扮和尚，潜入天塔寺。唐代高僧墓葬被盗，明空方丈决定组建大刀
自卫队以护寺为主，鲁志成被收为
俗家弟子。杨万凤误以为鲁志成已出家，一怒之下要削发为尼，了尘师太无奈允其在普济庵
带发修行。
八路军团长富大龙号召成立独立连，推荐鲁志成为连长，田英为兼职指导员。杨万凤想要加入独立连，被鲁志成拒绝后，竟赌气成立女兵排，自任排长，战士只有妙洁一人。
菩萨顶明空方丈、了尘师太等五台山各寺主持被抓。明空方丈则被囚于柳生霸川驻地，被船头正治施以酷刑。鲁志成率队不顾明远以死相谏，欲下山强行救出明空方丈。柳生霸川专门针对独立连设下伏击圈，专等独立连来救明空方丈。静云则用唐代金佛
换出明空方丈。仍不明情况的鲁志成中了柳生的埋伏，幸而杨万凤协助得以解围，万凤中途受伤，田英将其救出。
鲁志成识破柳生霸川的
障眼法，带领独立连击毙日军司令龟田井，取得重大胜利。柳生霸川万分懊恼，展开大规模围剿。鲁志成受嘉奖后
醉酒麻痹大意，错失抵抗时机，独立连损失惨重连夜转移。鲁志成等人进城买粮被日军发现，为救杨万凤，鲁志成身负重伤，杨万凤带其前往普济庵，了尘师太将鲁志成治愈。柳生霸川知情后，命船头正治搜查普济庵，杨万凤吸引日军追捕负伤，被鲁志成背回天塔寺照顾。静云和尚欲盗文殊菩萨金像未遂，转而求助于柳生霸川，柳生闯入寺庙，大开杀戒，杨万凤带领独立连逃脱，不料宝物竟被吴有德盗取，转至黑风寨。鲁志成和杨万凤大闹黑风寨，却被吴有德双双囚禁，随后吴有德凭借着自己的民族大义将两人放掉，并决定要金盆洗手，一起抗日。日军得到消息后包围黑风寨。柳生霸川假设鸿门宴，欲探宝物详情，席间几处危机均被吴有德轻松带过。柳生霸川恼羞，下令攻山，为不连累百姓，鲁志成接受了柳生霸川的战书，双方战平。鲁志成和傅卫国被带回县城接受酷刑，两人誓死不屈，随后逃脱。最后傅卫国和吴有德，及吴有德的妻子小满均在战斗中牺牲。
静云欲在
日本投降前夺到
佛家四宝，说服柳生霸川再次搜剿
五台山。鲁志成将佛家四宝转交给明空方丈。静云和影子武士追随而来。明空方丈担心柳生霸川会毁掉白塔寺，希望独立连能保护好白塔寺。静云等人几番周折找到并进入了白塔寺后山的暗道。吴有德的儿子大志猜出开启通往白塔寺暗道的
偈语打开了闸门，却遇到了暗道里的静云等人。双方交战，明远牺牲，明空负伤。明空带着大志将佛家四宝送到塔顶的密室。
柳生霸川不顾静云的阻拦，在白塔寺放好炸药，要炸白塔寺。静云暗示柳生霸川，佛家四宝就在白塔寺。静云与鲁志成等人在暗道相遇，发生激烈交战，静云被杀死。鲁志成等人在暗道放火后关掉了闸门。鲁志成与柳生霸川在白塔寺下对峙，杨万凤为救鲁志成严重受伤，鲁志成愤然杀掉了柳生霸川。杨万凤临死前与鲁志成互诉衷肠。日军投降，全寺欢呼。大志剃度，明空赐其法号大慈，将佛家四宝交给大志保管。白塔寺重归安宁，鲁志成在杨万凤墓前告别，带着独立连撤回延安。
张梓烈表示，剧情所限，自己与
王新军在剧中因为对待日寇的策略有很多摩擦、碰撞。但在戏外两人关系非常好，两人是铁哥们儿的关系。据张梓烈介绍，在剧情合适的情况下王新军还主动给他加了十几场戏。
该剧编剧
张勇介绍说，为了还原当年悲壮的历史，整个主创团队查阅了大量的资料，在尊重史实的基础上，反复修改剧本，对每个细节都进行多次推敲，整个
写作过程充满艰辛。
抗日战争是一场沉痛的民族保卫战、一个非常庄重的
集体记忆符号、一段谁也抹杀不了的历史。佛门僧侣惩恶扬善，用自己的生命谱写了一曲悲壮的英雄赞歌，塑造了坚强、勇敢而且
抗日英雄形象。僧人们从不问世事到奋起抗战，演绎了从和尚到战士的义无反顾，全剧表现出了和尚连中僧人聪慧、坚强、勇敢等优秀品格，更激发了人们爱国的热情。《独立连》借由历史再现传递惩恶扬善正能量，谱写新篇抗日赞歌。（
网易娱乐评）