恩斯特·海克尔(Ernst Haeckel)于1866年开始使用扇尾亚纲这个名字,包含所有具有现存
鸟类尾巴特征的鸟类,由此区分其与拥有像
兽脚亚目恐龙般的长尾巴的
始祖鸟。
嘉克斯·高斯特(Jacques Gauthier)后来将扇尾亚纲转为一个分支,即比始祖鸟较为接近现存鸟类的分支,如
鱼鸟及
黄昏鸟目。他继而定义鸟类尾巴为比
股骨短的尾巴,
尾综骨呈铧状及由少于6节的尾巴
脊骨融合在一起,且比活动部分为短。他进一步将鸟类的冠群、鱼鸟、黄昏鸟目及
神翼鸟分类到扇尾亚纲中。
新鸟亚纲(Neornithes)最初被Gadow建议用来取代扇尾亚纲。不过,高斯特却认为新鸟亚纲只是扇尾亚纲的次异名。另外,一些学者却将新鸟亚纲看为更为限制的冠群,只包括现代鸟类。高斯特则使用鸟纲(Aves)来指称现代鸟类。此外,一些研究人员使用扇尾亚纲来指代更具限制性的基于节点的演化支,以黄昏鸟和现代鸟类为定义节点。
下面的分类树是Michael Lee及其同事在2014年的一项分析的结果,其扩展数据来自于O’Connor和Zhou在2012年的研究。演化支的名字是基于它们的定义。