仓场是清代“十三仓”的遗留。仓场衙门有坐粮厅等部门，其主要职能是掌管漕粮验收及由通州至北京水陆转运，并包括北运河河工。

户部是六部之一，执掌管理全国疆土、田亩、户口、财谷政令。按地区分工设清吏司，海河运粮事务的“漕政”，即由云南清吏司兼管。下设南漕、北漕二科。但只限政令，具体事务仍由漕运总督管辖。

至于积储“漕粮”及京通北运河运粮事务，则由户部设仓场衙门掌管。“漕粮”者，是清代规定田赋除人税与土地税（“地丁”）外，于鲁、豫、苏、徽、浙、鄂、湘、奉天八省征收米豆，漕运北京，即称“漕粮”。

户部仓场衙门设于顺治元年，最高长官称“总督仓场侍郎”，为正二品。据《光绪会典》等载，仓场衙门分设东、西、漕等各科，分掌各仓场。何谓“仓场”？这即是有名的“京、通十三仓”。我们今天仍可见东直门内小街往南迤逦有海运仓、北新仓、禄米仓等地名，即为清代“十三仓”的遗留。其中唯有南新仓修缮保留，俾使今人可窥漕粮仓储风貌。

“十三仓”也称“京仓”。计有禄米、南新、旧太、海运、北新、富新、兴平、太平、储济、本裕、丰益十一仓，加上通州中仓、西仓，总计十三仓。多为明代所建，清代有所增加。每仓各设满、汉监督二人管理。各省漕粮运抵通州，按粮石种类与支放用途，分别储入京、通十三仓。除十三仓外，户部还单设“内仓”。清室内务府也单设“恩丰仓” （太监米石）、“官三仓”（储米石、麦等）。不属户部，归内务府会计司管辖。

上述各仓所储粮米，苏、浙两省征收的“白粮”（粳米、糯米），仅供皇室内府及王公、百官食用。其他漕粮支放八旗官俸兵米及养马饲料。北京东城的钱粮胡同即为八旗官兵领取俸米处。“漕粮”支出有严格规定，绝不准许平民食用。只有三种情况下才可以变通卖给平民：“廒底成色米”（过期霉变）、“扫收零撒土米”和“仓粮有余”。

仓场衙门一个重要的职能是掌管漕粮验收及由通州至北京水陆转运，并包括北运河河工。这些职能由坐粮厅统管，分设东、南、西、北、河税、收支、白粮等科分掌。坐粮厅是仓场衙门最重要的部门，所属通济库，负责收、支款项，收各省漕粮折价、芦粮折价等。支出则有官吏俸银、河工、造船、兵船夫役银等。北运河至京城的石坝、闸口、陆运、车运等也均由坐粮厅委派官吏管理。

漕粮事务在清代一直弊端丛生，一般人不知道，著名书法家包世臣还写过《剔漕弊说》，清代捐官大都容纳到漕运等几个衙门，纯属“借帮丁脂膏”。逢关过卡，运米入仓，处处勒索。“沿途过闸，闸夫需索，一船一闸，不下千文”。道光年间两江总督孙玉庭上疏《恤丁除弊》，其中指出：“旗丁勒索州县，必借米色为刁制”，“致使粮户无廒输纳”。

清人记载，百姓交纳漕粮，官吏层层用各种方法苛扣，最后每石“耗损”后只算五斗或六斗，百姓稍有反抗，便会被官府诬指为“抗粮”。

清代漕运积弊甚深，朝廷一直想整顿。如道光年间，曾派权倾朝野的穆彰阿两任漕运总督，以整顿滞运等弊。道光年间名臣陶澍也曾大力整顿漕务，并奏准以苏州等地漕米，改由海运，以杜绝弊端。节约时间人力资金，但终未实行。

另外，各省州府县亦设“常平仓”和“义仓”，与漕仓无关。清代设陪都盛京（今辽宁），也设户部，下辖粮储司、内仓、城仓等机构，但人事、业务均归盛京将军管辖。