仙居县下属职能部门，主要职责是：（一）执行党和国家有关水利的方针、政策；贯彻实施《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》等法律法规。研究制订水资源管理和水行业管理的地方性规章、政策，并负责组织实施和监督检查。

(二)组织制定全县水利发展规划、五年计划和年度计划;组织制定全县溪(河)流的流域(区域)规划和有关的专业规划;审查有关仙居县国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目中涉及水资源、防洪、水土保持等工作。

(三)管理全县水资源(含空中水、地表水、地下水);负责组织水资源的监测和调查分析;制定全县和跨乡(镇)流域的水量供求计划和水量分配方案，并负责管理实施;组织实施取水许可制度和水资源费管理制度;对水资源依法实施监督管理。

(四)组织和监督全县节约用水工作;开展水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制;监测溪、河湖、库的水量、水质，审定水域纳污能力;提出限制排污总量的意见，并将有关数据的情况通报县环境保护局。

(五)主管全县防汛抗旱工作;制订年度防汛抗旱工作计划;组织开展防汛检查，贯彻落实《防洪法》;负责县政府防汛防旱指挥部的日常工作。

(六)主管全县水土保持工作;对《水土保持法》的贯彻执行情况进行监督检查;负责水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收，做好水土流失情况的定期公报;负责县政府水土保持委员会的日常工作。

(七)主管全县河道工作;开展河道、水库、山塘、人工渠道等水域岸线、河滩和永安溪流域的综合治理;管理溪河采砂。

(八)负责全县水利水电工程建设管理;水利水电工程招标管理;对全县山塘水库、溪流堤坝、配套渠系、小流域治理的管理实施检查和监督;负责城市地表供水水源建设、水环境保护等城市供水工作。

(九)指导农村水利工作;组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化、水库与水电站安全监管。

(十)组织建设和管理国有中小型水电站，归口管理农村水电站及自供区电网。

(十一)归口管理水文工作。开展水文测站的流量测验、遥测;收集水文信息，建立信息数据库，做好防汛水情预报，并使之联网，为水资源公报提供资料。

(十二)负责水利科技工作，抓好全县水利队伍建设。

(十三)负责组织全县水库、山塘等水工程设施、水电站及下属企业的改革、改组、改造等;按国家规定管理并监督国有水利水电资产的保值增值。

(十四)指导水政监察和水行政执法，受县政府委托协调处理部门之间和辖区之间的水事纠纷。

办公室：处理机关日常事务工作；负责综合秘书、公文、信息、档案、财务、保卫、保密、总务、会议等工作；负责车辆管理和调度；负责人大、政协提议案的具体输；负责各科室工作综合协调和行政后勤服务及机关内部的规章制度建设。

人事科：负责水利系统党务和群团的具体工作；负责机关和下属单位的组织人事、劳动工资、社会保险、纪检监察、信访、计划生育、离退休人员管理；负责水利队伍建设和专业技术人员的管理工作，主管水利水电行业岗位和技术等级培训工作。

防汛防旱指挥部办公室：拟定防汛防台抗旱的有关行政措施及管理制度；掌握雨情、水情和水利工程安全运行情况，编制和发布汛情、旱情通告；具体实施洪水调度方案、抗旱应急供水方案；检查督促、联络协调有关部门、单位做好防汛防台抗旱工程设施和毁损工程修复及有关的防汛防台抗旱工作；总结防汛防台抗旱工作；法律、法规和规章规定的其他职责。

水政监察大队：依法保护全县范围内的水源、水工程、水保工程、防汛防旱、水文等有关设施，维护日常的水事秩序；承担局处置突发性重特大水事纠纷机构职能，加强巡查，及时有效地制止和查处各类水事案件，受理群众或单位的检举、控告。对违反水法规的行为，依法查处并及时调处水事纠纷，对公民、法人或其他组织违反水法规的行为实施行政处罚或采取其他行政措施，并配合公安、司法机关查处水事治安、刑事案件，受主管局委托，负责组织各项专项执法活动。

河道管理所：负责辖区内涉河建设项目的占用水源、水域、河道采砂行为的初审和审批工作，对项目的实施过程进行监督、检查；负责征收占用水源水域补偿费、河道采砂管理费；负责全县河道的敲桩立界、长效保洁工作；参与涉河违法案件的查处工作。