天保14年5月12日(1843年6月9日)生于鹿儿岛县,父亲为鹿儿岛藩士。参加过
萨英战争、曾就读于幕府海军操练所。
明治维新后加入政府海军,1871年(明治4年)任海军大尉,1877年任日进号舰长辅。1882年任海军大佐,先后任龙骧、扶桑、比睿等舰只舰长。1885年任横须贺造船所长兼横须贺镇守府次长、同年任建造中浪速号回航委员长。该舰服役后任舰长。1886年封海军少将。就任海军省第一局长兼海军大学校校长。接待了来访的清国舰队,在参观了
定远舰后承认是:“如果现在和清国开战,没有胜利的可能,只要‘定远’和‘镇远’两舰就能把全部常备舰队送到海底。”1892年升海军中将,
横须贺镇守府长官。1893年(明治26年)任常备舰队长官。
1894年(明治27年)7月16日日本御前会议决定对中国开战,7月18日根据军令部官房主事
山本权兵卫大佐提出的方案,将已经改名为“西海舰队”的警备舰队和常备舰队组成“
联合舰队”。这是日本海军第一次组建联合舰队,伊东祐亨海军中将为首任司令长官,准备参加
甲午战争,7月23日伊东祐亨奉大本营作战命令,亲率军舰15艘、鱼雷艇6艘、侦查艇一艘,由
佐世保军港出发,向朝鲜西海岸进发。25日派第一游击舰队以突然袭击手段,发动不宣而战的
丰岛海战,挑起中日战争。8月1日,中日两国互相正式宣战后,伊东佑亨遵照大本营的“作战大方针”,积极寻求与中国海军进行主力决战,以夺取制海权。
1894年9月16日,伊东佑亨率联合舰队军舰12艘,由朝鲜渔隐洞锚泊地出发,向黄海北部一带
游弋。17日凌晨到达海洋岛,经过侦察,未发现
北洋舰队,乃改变航向,向东北方向的大洋河口前进。10时30分发现北洋舰队。12时50分左右,日本联合舰队与中国清朝
北洋水师于黄海发生黄海海战,伊东祐亨率
三景舰在本队,后面还有军令部长
桦山资纪压阵督战,前面
坪井航三少将率第一游击队4艘巡洋舰快速穿插,连续打击中国军舰横队两翼的弱舰。
当日15时26分旗舰
松岛号被镇远的30.5厘米主炮击中,顿时把松岛号变成了海上活动地狱,丧失了作战能力。16时7分,伊东祐亨司令官升起了“失控”信号旗,企图退出战斗行列。然而他的军舰旗手的旗语太差,打的信号旗没人能看懂,被日军各舰长理解为“各自为战”。
到后来伊东只好撤销这个信号,再度担负起旗舰的职责,并于18点率队撤出战场整理,到20点才将旗舰转移到桥立。考虑到天色已晚,原旗舰松岛号已经失去战斗力,比叡,西京丸失踪,加上北洋水师也拥有鱼雷艇,追上去打夜战联合舰队占上风的把握不是很大,伊东祐亨决定收兵。
大东沟海战就这么结束了。
黄海大战的结果是日本舰队击败了清国舰队,击沉对方5艘巡洋舰而自己没有一艘沉没。日本取得黄海制海权,这是甲午战争中,对日本有利的重大转折点。
1894年10月,日军分两路侵入中国。第一军由朝鲜
新义州越
鸭绿江入侵辽东地区,第二军经海路在联合舰队掩护下,于
辽东半岛花园口登陆,入侵辽南地区。伊东佑亨在完成护航任务后,又配合第二军的陆上作战,于11月7日和22日分别攻占了
大连和
旅顺。
日军在侵占大连湾和旅顺口之后,就如何扩大侵略问题展开讨论。第一军司令
山县有朋提出《征清三策》,要求北上辽阳,南下直隶,内阁总理
伊藤博文提出《进击威海卫,攻略台湾方略》,伊东佑亨和第二军司令
大山岩联名上奏,认为“如继续作战,莫如进兵
山东半岛,海陆夹击,歼灭北洋水师”。
大本营遂采纳了这个提议,决定进攻山东半岛,占领
威海卫、消灭北洋舰队。同时组成了“山东作战军”。12月24日伊东佑亨选定
荣成湾为登陆地点,为了迷惑清军,还派第一游记舰队于1895年1月18日炮击
登州,转移清军视线。
合围
刘公岛后,伊东佑亨数次致书北洋舰队
提督丁汝昌,相其劝降,均被丁汝昌严词拒绝。在劝降无效的情况下,自2月2日至4日,日军开始轮番炮轰刘公岛和北洋舰队,并在4日、5日夜间派鱼雷艇潜入港内偷袭,相继击沉北洋舰队来远、威远两舰,重创定远舰。
2月13日北洋舰队在
威海卫投降,北洋舰队提督丁汝昌在前一天服毒自杀,伊东祐亨将缴获的舰船商船康济号遣送丁汝昌遗体回国,日本认为这种礼仪使世界惊叹。1895年8月接替
桦山资纪任军令部长,封子爵。1898年封海军大将,
日俄战争中在大本营任军令部长,1905年日俄战争结束后封元帅,但其对政治不感兴趣,1907年(明治40年)封
伯爵,授従一位功一级
金鵄勋章、
大勋位菊花大绶章。