明朝后期，为在国家西南地区推行改土归流政策，神宗朱翊钧万历二十七年（公元1599年）设置有“偏沅巡抚”之职，先驻偏桥镇（今贵州施秉县，设置偏桥卫所），后迁驻黔、楚重镇沅州（今湖南芷江），因此称“偏沅巡抚”。

明神宗万历二十七年(1599)，播州(今贵州遵义市)宣慰使杨应龙联合苗民起事，朝廷派佥都御史江铎在沅州(今芷江)始设偏沅巡抚，以镇压起事苗民。寻废。

熹宗天启二年(1622)，复设偏沅巡抚。其后或置或罢，至崇祯二年(1629)定设。

思宗崇祯二年(1629)，定设偏沅巡抚，驻沅州。又设辰沅兵备道以镇压起事苗民。

清康熙三年三月十二日，湖广行省南北分治。长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州7府，郴、靖2州归偏沅巡抚管辖。闰六月十一日　清廷命偏沅巡抚自沅州移驻长沙。

为照顾各民族的尊服情节，偏沅巡抚多为世袭，其后裔子孙中，有专以先祖官职称谓为姓氏者，其边区少数民族中亦有随之为姓氏者，称偏氏，主要是瑶族、土家族同胞。

清朝康熙三年，将湖广右布政使、偏沅巡抚移驻长沙，增湖广按察使员缺驻长沙府，湖广行省南北分治。湖广巡抚与左布政使司仍驻武昌。以武昌、汉阳、黄州、安陆、德州、荆州、襄阳、勋阳八府归湖广巡抚辖；长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州7府，郴、靖2州由偏沅巡抚直接管辖。 康熙六年七月驻长沙的湖广右布政使改称湖南布政使，设立湖南布政使司衙门。雍正二年(公元1724年)，雍正皇帝将“偏沅巡抚”改为“湖南巡抚”，“偏沅”之官制自此废黜。至此，现行的湖南省行政区域作为独立的地方一级政权组织才基本确立下来。