免疫沉淀是利用抗体特异性反应纯化富集目的蛋白的一种方法。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与蛋白A/G（ProteinA/G）或二抗偶联的珠子（agarose或Sepharose）孵育，通过离心得到珠子-蛋白A/G或二抗-抗体-目的蛋白复合物，沉淀经过洗涤后，重悬于电泳上样缓冲液，煮沸5-10min，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，离心收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白。

免疫沉淀的成功依赖于抗原的纯度以及制备抗体的难易，主要受两方面因素的影响：1、抗原原液的丰度，2、抗体对抗原的亲和力。

有3种类型的抗体可用于免疫沉淀：多克隆抗体，混合单克隆抗体和单克隆抗体。

多抗的本底较高，可通过滴定产生免疫沉淀所需的抗血清量，来有效地清除某些非特异性本底。其方法是将特异性抗体降低到能定量结合抗原的最低滴度，使本底保持最低。

免疫沉淀要求抗原的纯度尽可能提高。降低本底，用不与待检抗原结合的非特异性抗体预处理，可以从抗原溶液中除去非特异性结合蛋白，即此法第一次是用非免疫抗体降低本底，第二次再用所研究的抗体，这样进行二次免疫沉淀是达到纯化免疫沉淀物最有效的方法。

（1）收获细胞，加入适量细胞IP裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上或者4℃裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清；

（2） 取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液将1μg相应的抗体和10-50 μl protein A/G-beads加入到细胞裂解液，4°C缓慢摇晃孵育过夜；

（3）免疫沉淀反应后，在4°C 以3,000 g速度离心5 min,将protein A/G-beads离心至管底；将上清小心吸去，protein A/G-beads用1ml裂解缓冲液洗3-4次；最后加入15μl的2×SDS 加样缓冲液，沸水煮10分钟；

（4）SDS-PAGE, Western blotting或进行质谱分析。

免疫沉淀的实验过程比较简单，一般分为3个阶段；①抗原溶液的制备；②裂解物非特异性本底的预处理；③免疫复合物的形成与纯化。 免疫沉淀的第一步是制备抗原溶液。任何抗原溶液均可作为免疫沉淀的材料来源，但免疫沉淀一般采用细胞或组织制备的裂解物。裂解物的制备可采用多种方法，其中首选用温和的去污剂如非离子去污剂来裂解细胞。该方法能溶解细胞膜，破坏蛋白质之间许多微弱的相互作用，释放出大多数细胞内抗原。更重要的是方法十分温和，不破坏大多数抗原的结构和酶的活力。如果对抗原结构的完整或活力要求不严，或者抗原结合较为紧密，可以采用比较剧烈的条件来制备裂解物，如在强变性剂的溶液中进行煮沸，然后在免疫沉淀前经过稀释去除变性剂。一旦细胞裂解液制备好，即可进行预处理。

免疫沉淀一般用于分析抗原的生化特性，因此要求抗原的纯度尽可能高。抗原和抗体的相互作用与其各自的内在性质有关，故提高该技术信—噪比最容易的方法是降低本底。

经过预处理后，在裂解物中加入特异性抗体，由于抗体对其相应抗原的高度亲和力，因此容易快速形成免疫复合物。然后，将免疫复合物经蛋白A或蛋白G结合的琼脂糖或聚丙烯酰胺微珠等固相基质进行纯化。蛋白A和蛋白G对抗体的Fc段有较高的亲和力。蛋白A/G与抗体结合后，通过洗涤微珠即可除去未结合的蛋白，剩下与基质结合的即是纯化的抗原抗体复合物。