公益组织孵化器是2006年设计成型，2007年4月正式运行，旨在为初创期民间公益组织提供关键性支持的公益项目。模式为“政府支持，民间力量兴办、专业团队管理、政府和公众监督、民间公益组织受益”。董事会领导下的执行机构负责日常管理；向社会各界募集运作经费；与资助型组织建立公益创投合作伙伴关系；由
NPO专家组成顾问团，借助管理咨询、会计、法律、宣传营销等专业机构的志愿力量向被孵化公益组织提供一流的咨询服务；政府提供政策支持并以购买服务形式给予一定补贴；受益方为初创期的民间公益组织。
NPI探索中国特色的NPO支持型组织发展模式，为被孵化机构提供包括场地设备、能力建设、信息共享、创业基金等基本孵化服务，同时也为被孵化机构提供资源拓展、财务托管、协助注册、管理咨询、成长评估等拓展孵化服务，不遗余力的发掘、培育有志于投身公益领域的“
社会企业家”和公益“职业经理人”。
NPI
公益组织孵化器从2008年起常年接收公益项目的申请。申请机构必须先填写孵化申请表，提交至NPI项目评审小组。由项目NPI评审小组和理事会共同审核并确定最终孵化项目。每年8月统一入驻，孵化期原则上为一年。
我们将会对申请机构的优势和劣势进行明确的分析，通过全面的评估标准和专业的评估工具来筛选最具代表性和最具潜力的社会组织入驻孵化器。评估的标准主要体现在四个方面：社会影响力、运作模式、组织力量、契合度。
社会影响力 主要考察入驻机构对社会需求和社会问题的把握，现在已经或者未来可能产生的社会推动作用，是否符合政府的扶植政策或者会影响扶植政策的制定。 运作模式 主要考察入驻机构的运作模式是否具有创新性、可复制性和可持续性以及社会对其的认同度等。 组织能力 主要考察入驻机构创始人的使命感、意愿和能力，管理团队的能力，理事会的组成与作用。 契合度 主要考察入驻机构的专业化程度和需求以及政府和NPI团队对其的认同度
社会影响力 主要考察入驻机构对社会需求和社会问题的把握，现在已经或者未来可能产生的社会推动作用，是否符合政府的扶植政策或者会影响扶植政策的制定。 运作模式 主要考察入驻机构的运作模式是否具有创新性、可复制性和可持续性以及社会对其的认同度等。 组织能力 主要考察入驻机构创始人的使命感、意愿和能力，管理团队的能力，理事会的组成与作用。 契合度 主要考察入驻机构的专业化程度和需求以及政府和NPI团队对其的认同度