中国清代内阁前身，辅助皇帝处理政务的枢要机构。天聪三年（1629），皇太极在盛京设立文馆，命翻译汉字书籍及记注本朝得失。

内国史院掌记注皇帝起居诏令，编纂史书及实录，撰拟表章并收藏御制文字；内秘书院掌撰外交文书及敕谕祭文并录各衙门疏状；内弘文院掌注释古今政事得失 ，向皇帝和皇子进讲并教诸亲王等 。

皇太极继汗位以后，不断加强皇权，至天聪十年（1636年）四月，皇太极自称宽温仁圣皇帝，改国号大清，改元崇德，终于完成了向君主集权制过渡的关键一步。在崇德改元前一个月，皇太极“改文馆为内三院，一名内国史院、一名内秘书院、一名内弘文院”，并详细规定职掌，任命负责官员，为内三院发展成为政府中枢机构奠定了重要基础。

文馆设立不久，就有更馆名的呼声，如天聪五年（1631年）参将宁完我上疏言“臣等公疏，请设六部、立谏臣、更馆名、置通政、辨服制等事，疏经数上，……”，但皇太极对此事不作回应，更馆名的呼声也随之沉寂。至天聪九年（1635年），改革文馆的提议又重新出现，先是同年二月，正红旗牛录章京许世昌奏称“天子股胧宜立。一代之兴必有一代之臣，相与赞襄开导，共造封疆，所谓辅弼重臣，上应天心者也。我朝枚卜之举，实有未行。不过曰书房，岂堂堂立国之体哉”。十二月，梅勒章京张存仁又条奏曰“改文馆为内阁中书科，以彰官制，其笔帖式亦应加中书科名色，分大小副参游守，为阁老翰林等官”。这次皇太极采纳了改革文馆的意见。之所以此时采纳改革文馆的意见，是因为对内，皇太极经过一系列的努力，使皇权实力终于完全凌驾于八旗贝勒之上。对外，皇太极消除了后金国家东北、西北的隐患，又争取到了大量明朝降臣作为攻明的助手，与明朝对峙的局势已成，建立君主集权制国家的外部条件成熟。至此，皇太极的势力远远超过八旗贝勒，由八和硕贝勒共治国政向君主集权制过渡的内部条件已经具备。

在内外条件具备的情况下，建立八旗制度下的君主集权制国家已是大势所趋，这时皇太极需要扩大文馆组织机构，给予其明确职掌分工，以便应付改元后的繁杂事务。同时，文馆的改革也有利于彰显中央集权官制，使国家机构与皇太极改元称帝相匹配。在这种历史背景下，内三院应运而生。

文馆改为内三院，不仅正式升为国家机构、职能扩大，还任命刚林任国史院大学士，范文程、鲍承先任秘书院大学士，希福任弘文院大学士，除鲍承先于崇德三年（1638年）改吏部参政外，其余三人终崇德朝未变动。以文馆人员为内三院首领，既确立了刚、范、鲍、希的地位尽管此时品级不高，又保证了内三院的相对独立性。

天聪五年（1631年），皇太极仅改巴克什为笔帖式，宁完我就曾言“我国笔帖赫包之称，于汉一言为书房，朝廷之上岂有书房之理官生杂处，名器未定，更易布置，止一矢口之劳，皇上何惮而不为也”天聪六年（1632年），文馆李栖凤曾奏“臣一向蒙大海及众榜式言臣小心勤谨，说奏过皇上，遂令臣办写国书。收掌一应文书，总在大海经营，今大海病故，书房事宜竟无专责，其柜子中收贮文书，人得乱动臣言轻职微，实难担当，不容不奏，倘有漏泄疏失，臣万死不足惜，有负皇上任使至意。”因此有文馆秀才杨方兴建议“书房中当用贝勒。书房实六部之咽喉也。一切往来国书暨官生奏章，俱在于斯，若无总理之人，未免互相推诱。”·…臣想六部皆有贝勒，面书房独无，乞皇上择一老成通达政事的贝勒，在书房中总理。……或三五日来一次，内则查点书房本稿，外则代伸六部事务，凡大小奏章，先与贝勒说过，该进上者进上，该发部者发部，庶书房官生有头领，好用心做事，再各分执掌，总听贝勒约束，方成个大规矩。”

虽然设立内三院是政治所需“南朝（指明朝）以文臣内监专守各城，其人未尝不可招之，使来也。彼见我国不用文臣而文臣之心益坚，不用内监而内监之志益固。以臣之意，皇上且立文官内监之名，使彼之文臣内监闻风而动，其贪慕之心则自然归顺矣。……又曰改文馆为内阁中书科以彰官制，其笔帖式亦应加中书科名色，分大小副参。游守为阁老、翰林等官”，但毕竟由最初宁完我向太宗要求定立名分，太宗说慢慢来，到后来馆臣提议通过贝勒执掌提升文馆的地位，再到最后确立为独立的政府部门虽比照六部设置，因贝勒不总领统摄，由文馆里杰出的文臣统领，具有很强的政治独立性，用当时人的话来概括就是“虑国事无纪纲也而设六部，虑六部有偏私也而置六科，虑科臣阿党君心宜启沃也而置馆臣，虑下情上雍君心受欺也而置通政，此数事皆相因相制，缺一不可者。”又由于内三院无贝勒统领，故皇太极时期官品不高，但内三院是皇帝所钦用，故备咨询、启沃君心这一重任非六部所能比拟。内三院的大学士、学士们为皇太极时期的政治、经济、军事、文化等各方面出谋划策，是皇太极的智囊团。对皇太极的改革，从纲领、措施到实行积极参与，提出建议并监督执行。

按从文馆到内三院发生了阶段性的变化，尽管从职能、官阶上他们的权力仍依附于皇权，然而机构的规范化、权责的明确化为其迈向政治成熟、政治独立提供了制度保障。尽管内三院确立的官阶照军阶给予且较为低微，但官阶的出现确立了他们的地位，地位的确立尤其对汉文臣来说是种身份的象征，也是对他们才能的肯定。文馆、内三院满文臣、汉文臣的地位有尊卑之别，与对太宗的重要度的多少无直接关联，主要体现于文化上尊崇满文臣翻译国书、记载实录等，所以很难从他们掌握的权力来区分满文臣、汉文臣地位尊卑，也无所谓文馆之首、内三院之魁，史料中的记载也无非是种文化的肯定。对贝勒权力来说，文馆、内三院是直接向皇帝负责，与他们的权力并无直接关联，对他们不会造成实际影响，此时的他们还是并行不对立的两套系统。

崇德八年（1643年）皇太极去世，六岁的福临继位。睿亲王多尔衮摄政之初，虽以济尔哈朗为首、己为辅，但由于他掌管吏部，才识胜过济尔哈朗，国政仍有他掌管。十二月，寻借口罢诸王贝勒等办理部院事务“前者众议公誓，凡国家大政必众议佥同，然后结案。……方先帝置我等于六部时，曾谕国家开创之初，故令尔子弟辈暂理部务，侯大勋既集即行停止。今我等既己摄政，不便兼理部务，我等罢部务事而诸王仍留亦属未便，今欲概行停止，止令贝子公等代理部务。……惟原在部之贝子博洛公、满达海，不令缺事，其余王贝勒贝子俱罢管部务，悉委之尚书焉。”由于多尔衮虽以亲王辅政，但由于没有君主地位，若继续以诸王贝勒管理部院事务，旗务部务交织形成盘根错节的势力网，可能造成与他分庭抗礼的势力，因此取消六部由八旗贝勒执掌，政务由两位摄政王决断，如此两位摄政王取得了凌驾诸亲王、群王、贝勒之上的地位。

在顺治元年（1644年）正月，济尔哈朗又集内三院、六部、都察院、理藩院堂官谕“嗣后凡衙门办理事务，或有应白于我二王者，或有记档者，皆先启知睿亲王。档子书名，亦宜先书睿亲王名。其坐立班次，及行礼仪注，俱照前例行。”实际确立了多尔衮“首席摄政王”的地位。同时又“增设内三院学士各一员，以觉罗伊图为秘书院学士，来衮为国史院学士，查布海为弘文院学士。”将亲信满洲文人派入内三院中，掌握来往机密奏疏，牢牢掌握政务文书情况。政治地位迅速确立后，顺治元年（1644年），多尔衮在秘书院大学士范文程的指导下，以“申严纪律，秋毫勿犯，复宣谕以昔日不守内地，及今进取中原之意，而官仍其职，民复其业，录其贤能恤其无”为指导思想，率清军入关，击败李自成。十月，世祖福临迁都北京。在京大小衙门机关都照明朝旧制。

此时，这些文臣分别向多尔衮为内三院要两大权力，以树立内三院的机要地位一、“京师理，则天下不烦挞伐，臣等所虑者，吏、兵二部，任事不实，仍蹈汉习，互相推语，任用匪人，贻误非小……宜将内院通达治理之人，暂摄吏、兵二部事务。”二、“国家要务，莫大于用人行政，臣等备员内院，凡事皆当与闻。今各部题奏，俱未悉知，所票拟者，不过官民奏闻之事而已。夫内院不得与闻，况六科乎倘有乖误，臣等凭何指陈，六科凭何摘参按明时旧例，凡内外文武官民条奏，并各部院履奏本章皆下内阁票拟，已经批红者仍由内阁分下六科，抄发各部院，所以防微杜渐，意至深远。以后用人行政要务，乞发内院拟票，奏请裁定。”对于前者结果是“睿亲王报曰尔等言是，但内院机务殷繁，不便令其署理政务。”对于后者多尔衮的“是其言”。顺治二年（1645年）三月，“谕内外大小各衙门曰凡陈奏本章照故明例，殊觉迟误。今后部院一切疏章，可即速奏，候旨遵行。至于各衙门应属某部者，有应奏事宜，即呈送该部转奏。……其有与各部无涉，或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏。“既不赋予内三院票拟权，又剥夺内三院管理朝廷政务的权力，仅赋予内三院参与对外征战、谋划和招抚等事务，与太宗时期内三院的职能相比实际是削弱了。“且在顺治三年（1646年）“摄政王多尔衮谕内院，嗣后诸王大臣，差遣在外，凡有奏启，止令具本御前，予处启本，著永行停止。”将军务也列为机密，不准内三院参与其中。这与汉文臣竭力追求内三院的宰辅地位大大相左，内三院的地位实际名不副实。唯一获得扩大的只能算机构和人员，将翰林院合并于内三院，“凡翰林官，仍循旧制，由内院补授”，三院名上都加“翰林”二字，内三院总人数达到一百八十余人。

内三院，为内国史院、内秘书院、内弘文院。