内侍司的职责，主要是再天皇身边，担任奏请、传宣（内侍宣）等工作，同时在宫中有典礼节日时担任引导，近似于天皇的
秘书，是相当重要的职位，因此于内侍司供职者，须对于学问、礼仪等有一定程度。此外，
三神器之一的八咫镜，供奉于
宫中的温明殿（内侍所），也是由内侍司负责掌管。
内侍司的地位，在律令制的规定下，因职掌内容而越显重要。
平城天皇大同二年（
807年），其所宠的藤原药子担任尚侍一职，平城天皇为此将尚侍曾原本的从五位升级为从三位，造成日后药子之乱的远因。
平安时代中期以后，
后宫十二司的组织改革，内侍司吸收其于十一司的职能，成为专职后宫的官职。其中内侍司长官尚侍、次官典侍甚至成为天皇的妃嫔，此后内侍司长官便改由三官掌侍取代。
尚侍：内侍司长官，定员二名，官位相当为从五位或从三位。尚侍多由
摄关家之女担任。原本，奏请、传宣的职务只能由尚侍担任，典侍则无资格，但平安时代中期后，尚侍成为天皇的妃嫔，因尚侍的职务改由典侍担任。镰仓时代开始，不再任命尚侍。
典侍：内侍司次官，定员四名，官位相当于
从六位或
从四位。典侍多由以
大纳言、
中纳言为主的
公卿之女担任。
掌侍：内侍司三次官，定员正官四名、副官二名，官位相当约从七位或从五位。现在所说的内侍，通常是指掌侍。天皇迁都时，三神器亦要相随，其中的
天丛云剑是由掌侍负责随奉。尚侍、典侍侍妾化后，掌侍成为内侍司实际上的最高长官，并改称勾当内侍，官阶也提升到从二位或从三位。奏请、传宣一职亦改由勾当内侍担任。女孺：内侍司下级女官，定员百名，负责一般杂务。