内河巡防是各省内河水师官兵定期巡防江河的制度。清制，凡各省江河湖泊险要之地，皆由水师官兵各于所属界内，定期上下巡缉，并各于交界处会哨，不得引避不巡，亦不得巡而不周，违者论如军律。

其巡防长江之制，自四川巫山而东，出三江口至湖广界，过岳州、武昌、兴国至江西界，下九江、南昌至江南界，经安庆、江宁、京口、狼山，东至于海，沿江各省将军、总督、提督、总兵， 分委所属弁兵沿江游巡，及界而还。江南、江西沿江各营汛上下巡缉，每月彼此会哨二次，对换令箭为凭；又每月狼山镇派员东巡至廖角觜、西巡至京口，京口官兵东巡至狼山、西巡至江宁，江宁将军派员东巡至京口，两江总督派员西巡至安庆，安徽巡抚派员东巡至江宁、西巡至江西交界处；江西九江镇、南昌协各派员东巡至江南交界处，九江营派员西巡至湖广交界处； 湖广兴国一营东巡至江西交界处、西巡与武昌营会哨，武昌营西巡与岳州营会哨，荆州营东巡与岳州营会哨，西巡至四川交界。所到日期，俱报明各总督、巡抚、提督、总兵查考。其广东内河水师巡防之制，除按季轮派弁兵游巡外，并于夏冬二季由水师提督亲往游巡。此外，其余各省之江河中流险要地方， 也一律派拨水师官兵按时巡哨。