一般内
胚层是在
原肠形成时从
外胚层分离出来的。在原肠期，内胚层构成原肠壁的全部或一部。在
羊膜类，于
脊索中胚层管或
原条出现之前，内胚层便在胚内作为
胚盘下层而出现。内胚层除了形成
消化管的主要部分外，在
脊椎动物还分化出消化管附属腺的肝脏、
胰脏以及胸腺、甲状腺等咽的衍生体。一般说来，内胚层细胞由于比其他胚层细胞所含的
卵黄多，所以细胞较大，特别是在端黄
全裂卵，卵黄浓度在内胚层明显地增多是普遍规律。在大多数情况下，内胚层是起源于
卵细胞的
植物极及其附近的
细胞质，但在局部卵裂卵、表面卵裂卵及一部分
无脊椎动物的全裂卵则为例外。内胚层在
系统发生上曾以最原始的形态出现于
腔肠动物，它和外胚层一样可看作是原始胚层（中胚层只在腔肠动物以上的
后生动物可以看到）。通过对
两栖类的研究结果表明，内胚层的形成决定明显地迟于其他两个胚层，内
胚层分化的
器官原基的相当一部分，是依存于
中胚层的。