中医学院前身是内蒙古医学院中蒙医系，成立于1958年，是全国西医院校中设置中医学专业较早的系部之一。2004年9月经上级批准更名为“中蒙医学院”；2006年12月中医和蒙医分为2个学院，成立了“
内蒙古医学院中医学院”。
建院（系）以来，一直以中医本科教育为主，并积极发展研究生教育（83年开始招收硕士研究生）及成人教育，是内蒙古自治区最早培养中医药高级人才的教学基地。50多年来，已为省内外培养出中医药高级人才近4000余名，多数已成为各级医疗、科研、教学、管理岗位的学术带头人和业务骨干。
教师队伍中具有高级职称人员33人（教授人20，副教授13人），中级职称20人，初级职称12人，实验人员8人，兼职博导2人，硕士生导师20人；具有博士学位者6人，在读博士5人；硕士学位者36人；全国第四批名老中医传承指导教师1名，自治区名老中医5名，2名教授享受国务院特殊津贴，2名教师被授予自治区有突出贡献的中青年专家，2名被评为自治区医疗卫生学术技术带头人，2名教师遴选为321人才工程第二层次人才，1人被授予“草原英才”称号，1人被授予自治区优秀教师称号；30余名教师在各级中医药学会任职。“中蒙医临床模拟教学实验中心”被评为
国家级实验教学示范中心，“中医内科学”被评为自治区级优秀教学团队，“中医学”“针灸推拿学”被评为自治区级品牌专业，5门课程被评为自治区级精品课程，20多项教改课题。