内蒙古医科大学蒙医药学院，其前身是内蒙古医学院中蒙医系，成立于1958年，是全国西医院校中设置民族医学专业最早的系部之一。1980年开始培养全国首批蒙医学专业研究生，2005年和2011年分别与
北京中医药大学和
天津中医药大学联合培养民族医学（蒙医学）和中药学（蒙药学）专业博士研究生。
蒙医学科2007年和2009年分别被评为内蒙古自治区重点学科和
国家中医药管理局重点学科；蒙医专业2006年被评为国家教育部全国高等学校重点建设特色专业，2007年被评为内蒙古自治区级品牌专业，2012年获批第一批高等学校“专业综合改革试点”项目；中蒙医临床模拟实验教学示范中心和蒙医学虚拟仿真实验中心分别于2013年和2014年被教育部获批为
国家级实验教学示范中心和国家级虚拟仿真实验教学中心；蒙药专业2009年被评为国家教育部全国高等学校重点建设特色专业，蒙药学科2012年被国家中医药管理局确定为重点学科；蒙医诊断学教学团队为国家教育部优秀教学团队；蒙医传统疗法教学团队和蒙医方剂学教学团队为内蒙古自治区优秀教学团队；蒙医诊断学、蒙医疗术学、蒙医眼科学、蒙医方剂学为内蒙古自治区级精品课程；蒙医药学创新团队为自治区“草原英才”工程高校创新团队。2015年蒙医药协同创新中心被教育厅认定为自治区蒙医药协同创新培育中心；该学科已成为全国少数民族医学教育中历史最长、规模最大，专业人才最多，办学层次最高，科研学术水平在国内外居于领先地位的一个特色优势学科。
学院在编教职工66名，其中
专业技术人员57名（专任教师50名、教辅7名、其它专业技术人员1名）；特聘教授4名；
行政管理人员8名。在编教师（教辅）中具有高级职称人员31名；具有博士学位25名、硕士学位29名；博士生导师6名、硕士生导师42名。被评为“国医大师”2名；入选国家百千万人才工程人选1名；国家突出贡献中青年专家1名；享受
国务院政府特殊津贴专家3名；国家级
非物质文化遗产代表性传承人1名；全国优秀教师1名；中医药高等学校教学名师1名；自治区杰出人才奖获得者3名；自治区“草原英才”4名，自治区突出贡献专家4名，入选自治区新世纪“321”人才工程5名，自治区名蒙医7名，自治区名老蒙医药师传承11名，自治区医疗卫生学术带头人2名，自治区优秀专业技术人员（记一等功）1名，自治区级非物质文化遗产代表性传承人2名，自治区教学名师2名，自治区教坛新秀3名，全国百佳女中医师1名，自治区劳动模范2名，自治区“五一”劳动奖章者1名，自治区优秀教师2名。
设有蒙医学、蒙药学和护理学（蒙医方向）三个专业；蒙医基础理论、蒙医医史文献学、蒙医内科温病学、蒙医外科学、蒙医五官科学、蒙医妇儿科学、蒙医传统疗法学、蒙医护理学、蒙药学、蒙医方剂学、蒙药资源分析、蒙药炮制学、蒙医骨科学、蒙医皮肤科学、蒙药制剂学等15个教研室；综合办公室、教学科研办公室、学生工作办公室等3个行政科室以及1所附属蒙中医院（蒙医临床研究中心）；建有自治区蒙医药博物馆；蒙医传统疗术学实验中心、蒙药炮制实验中心、蒙医药基础实验中心、蒙医临床技能实训中心等4个实践教学中心，有自治区国际蒙医医院等13所教学医院。注册全日制本科生有1332名，硕士研究生100名，是内蒙古自治区培养蒙医药高级人才的主要教学基地。学院一直以蒙医本科教育为主并结合地区特点，积极发展研究生教育，兼顾留学生培养。已为国内外培养蒙医药专业博士研究生20名，硕士研究生289名和本科生2229名，其中多人已成为蒙医药及相关领域的学术带头人或学术骨干。