内蒙古民航机场集团公司成立于2003年12月19日，其前身为内蒙古自治区
民用航空管理局。2005年12月19日，
首都机场集团公司正式托管内蒙古民航机场集团公司。公司直接管理、经营呼和浩特机场、
包头机场、巴彦淖尔机场、
呼伦贝尔机场、
赤峰玉龙机场、
锡林浩特机场、
通辽机场、
乌兰浩特机场、
乌海机场、
阿尔山机场等区内9家民用机场，并委托经营管理二连浩特机场、阿尔山机场和根河机场。
随着自治区经济社会不断发展，内蒙古民航迎来了机场建设的高峰期，近两年投入25亿元全面加快内蒙古地区机场建设步伐。呼和浩特机场扩建工程于2007年7月交付使用，
飞行区等级为4E；并完成了
包头机场、
海拉尔机场、
乌兰浩特机场飞行区改扩建工程；开工建设赤峰军民合用机场、
鄂尔多斯机场、
阿尔山机场和二连浩特机场；完成
锡林浩特机场飞行区扩建工程的前期准备工作。到2010年，内蒙古民航机场将达到12个，2020年将达到18个。
内蒙古民航机场集团公司的愿景是成为国内一流的机场管理公司，
支线航空发展的创新者，支线机场管理的领先者；使命是关注顾客需求和期望，提供优质空港服务，致力于推动区域经济社会发展；发展战略是以科学发展观为统领，
创新理念，提升品质，深化内涵，着力提高机场管理水平，提升机场安全和服务品质，提升机场资源价值，实现全面协调可持续发展，为区域经济和社会发展服务。战略目标是到2015年，将呼和浩特白塔机场建成华北地区区域性
枢纽机场，机场运营效率进入国内同层级机场前列，机场经营品质明显提高，支线机场运营管理国内领先；将内蒙古机场集团打造成为国内一流的机场管理集团。
截至2009年底，集团公司共有员工2400余人，
资产总额约36亿元，继续经营管理呼和浩特、包头、赤峰、
锡林浩特、通辽、
乌兰浩特、
呼伦贝尔、乌海等8家机场，受托经营管理
鄂尔多斯机场和二连浩特机场。其中，
呼和浩特白塔国际机场可以保障
B747机型起降，包头、巴彦淖尔、呼伦贝尔、
锡林浩特机场可以保障B767机型起降，通辽、乌兰浩特、赤峰、鄂尔多斯、
乌海机场、二连浩特机场可以保障B737机型起降。集团公司还受托参与建设管理
阿尔山机场，受托实施阿拉善
通勤航空试点工作。 2009年，共有
国航、东航、海航、天航、南航、
川航、上航、深航、山航、金鹿、吉祥、东北航、厦航、
蒙古航空、俄罗斯航空、大韩航空等20余家航空公司参与运营内蒙古航空市场，开通航线122条，通航城市53个。集团公司全年完成
旅客吞吐量556万人次，同比增长44.4%,增速继续位列
首都机场集团公司成员机场之首，高于行业平均水平24.6个百分点。其中呼和浩特机场完成旅客吞吐量290万人次，国内机场排名第35位；
包头机场旅客吞吐量突破100万人次，国内机场排名51位，
呼伦贝尔机场旅客吞吐量突破50万人次，国内机场排名60位。