军务院，全称中华民国军务院，是护国战争中西南护国军在广东组织的临时政府性质的机构。1916年西南护国军反对袁世凯称帝，遥尊黎元鸿为总统，于5月8日在广东肇庆组织军务院，为独立各省对内对外的总机构．军务院以唐继尧、岑春煊为正副抚军长，梁启超、陆荣廷、蔡锷、李烈钧等为抚军，梁启超兼政务委员长。袁世凯死后，南北妥协，军务院于7月14日用全体抚军名义宣告撤销。
1916年5月1日，护国军在广东肇庆成立
两广都司令部（故址在今肇庆中学），公布《都司令部组织令》和《都司令部暂行办事细则》。规定两广都司令统率广东、广西两省军队，管理一切军务，兼筹政务、财务。都司令部置参谋部，设都参谋一人，协助都司令掌管军政、军令。由
岑春煊任都司令，
梁启超任都参谋，
李根源任副都参谋。显然，这主要是针对
龙济光拒不肯让出广东都督一席而设置的。两广护国军都司令部的成立为军务院的产生奠定了基础。
经过多方的活动，滇、黔、桂、粤四省的护国军代表于5月8日在肇庆举行联席会议，根据《大总统选举法》第五条第二项的精神，宣布“中华民国军务院”成立，所在地暂定在广东。以
袁世凯称帝已丧失大总统资格，应由副总统
黎元洪继任，但又由于黎正蒙难，应由国务院摄行大总统职权，然国务院已遭废止，重设须经国会通过，而国会亦不存在，故暂设军务院，主持全国军事、庶政。据《军务院组织条例》，军务院直隶大总统，统筹全国军机，施行战时及战后一切政务。大总统不能亲临军务院视事时，一切军政、民政、对内、对外，以军务院名义行之。军务院实际具有临时军政府性质。军务院设抚军若干人，名额不定，凡独立各省都督、都司令、都参谋及独立各省确已成军有两师以上的总司令，均为抚军。军务院设正副抚军长各一人，由抚军互选产生。军务院内设政务委员会、秘书厅、参议厅、编撰处、两广都司令部等，关键者为政务委员会，设委员长一人，委员若干人，分掌外交、财政、法制等各项事务。由抚军会议裁决庶政。军务院抚军长为
唐继尧，抚军副长为岑春煊，秘书长为
章士钊。因唐继尧不能离滇赴粤，由岑春煊摄行抚军长职权。政务委员会委员长为梁启超，梁启超成为军务院政治领导人。从军政府公布的组织条例来看，军务院相当于国务院。军务院为各派反袁力量在一定程度上的松散结合，也是与袁世凯政府相对立的临时政权机构。
军务院把云南和两广的军队编成护国第一至第六军。总司令分别为
蔡锷、
李烈钧、
莫荣新、
李耀汉、
谭浩明、林虎隐。蔡锷第一军和黔军戴戡部已入川，下一步就是大举北上，以实现会师中原的计划。军务院命令驻两广的护国军均归
陆荣廷节制，于是陆荣廷以粤桂护国联军总司令的名义下达出征令，分湘、赣、闽三路,加紧对袁世凯进行军事“围捕”。5月7日，陆荣廷乘湖南零陵镇守使望云亭宣布独立之机,亲督陆裕光、马济、林俊廷、汰鸿英等部三十余营入湘北伐,由祁阳进迫衡州。为配合陆、望作战，岑春煊命龙济光驻粤北连县、乐昌、阳山等处军队移扎出境，向郴阳、桂阳方面前进。
5月11日，军务院发出第一号布告，开始对未独立各省进行政治攻心。在军务院致未独立各省的公函中，又进一步力陈袁逆罪孽，号召各党派齐心协力。在对外方面，军务院进行了一系列外交活动，争取各国在外交上对军务院的承认和支持，逼袁退位。军务院成立时，于5月9日通告各国公使、领使：“以后除地方商民交涉，照例仍由各该省军民长官，与各国驻近该地各官厅就近办理外,，其中央外交事务，一概改由军务院办理。”列强看到袁逆大势已去，不得不抛弃了袁世凯，美国也停止了向袁政府支付借款。各国对帝制态度的变化，对于袁世凯来说，是一个沉重的打击。迫于巨大的政治压力，袁的亲信
陈树藩、
陈宦、
汤芗铭等入也宣布独立。独立省份已达八省。未独立各省的护国军讨袁斗争也四处烽起，如奉天有辽东护国军的起义，东北有东三省护国军举义，山东护国军组织都督府。
为了与
冯国璋等势力协调反袁运动，梁启超于5月21日抵达上海，旋赴南京。冯等乃在南京举行会议，谋劝袁退位。袁已陷于四面楚歌之中。然而，5月24日，梁启超在上海给岑春煊写了一感情真挚的信。信实质为一封表明辞职意图的信。梁启超被举为政务委员长及抚军之后，时论或有梁启超钻营官位、怙权贪位之传言，沪上人士颇多攻击者，梁遂写此信向岑春煊表达反袁决心。此信除了向岑春煊表达反袁的决心，也有对人事纷争的担忧。当时广东诸军人事纷争。龙济光被迫宣布独立，但与护国军仍不友善，并在4月12日发动海珠之变，设伏诛杀前来与会的
汤觉顿、
谭学夔、
王广龄、岑伯铸诸人。其中汤觉顿当时是梁启超的代表，一直被梁视为臂膀。梁启超在信中明确表示，自己实在不愿意去贪图什么权力，即便是自己愿意，也没有这个能力。梁此意是为了消除广东诸军的疑虑。为了表达自己的反袁决心，梁启超甚至在信中不惜将自己说成是贪恋权势的政客，只要能反袁，他甚至可以不惜牺牲自己的名节，他梁启超的名字可以任意使用。他说自己“千万死罪”，既“钻营都参谋”，“又钻营政务委员长”，把自己描述成了一个活脱脱的投机钻营的政治小人，梁启超如此自我嘲讽，是为取得护国军诸将领的信任。梁启超在信中表态，等护国战争一旦胜利即辞去全部职务。
1916年6月6日，袁世凯在众叛亲离中忧惧而死。7日，黎元洪就任大总统。军务院内部就军务院的存废问题展开了一番争论。梁启超认为大局已定，当务之急在于巩固黎元洪和
段祺瑞的地位，要稳定大局就必须结束南北军对峙状态。他一面督促北京政府尽快恢复民元约法和国会，一面主张向北京方面做出适度妥协，即撤销军务院。他重申了军务院撤销的条件，即按照《护国军军政府第四号宣言》第十条的规定“军务院俟正式国务院成立时撤废之”。梁启超一向标榜国家主义，反对地方势力膨胀。为尽快结束动荡的时局，他极力主张西南地区采取同一立场，支持中央政府。7月2日，梁启超则直接劝说陆荣廷，认为从道义角度出发，肇庆方面应向北京方面做出适当的妥协。地方实力派是军务院存在的物质基础和保障。就实力和当时的影响而言，实力派中以唐继尧、蔡锷、陆荣廷为声望卓著者。他们的态度对军务院的未来有着决定性的影响。在军务院的存废问题上，唐继尧态度暧昧，时而支持保存军务院；时而主张维护中央政府地位迅速废除军务院。陆荣廷与唐继尧一样为地方实力派，不过他对军务院的态度却更接近梁启超，认为“此次我辈举义，拥护共和，目的均已全达。请由蓂公领衔通电京省，将军务院克日撤销，使国权统一，恢复和平。”
1916年6月29日，黎元洪正式宣布遵行《中华民国临时约法》，恢复国会，任命段祺瑞为国务总理。7月14日，唐继尧、岑春煊、梁启超等13人联名通电全国，正式宣布撤销中华民国军务院，护国战争宣告结束。