农业农村部南京农业机械化研究所地处南京钟山风景区南麓，是国务院1957年批准成立的农机科研院所，是中国农业科学院农业工程学科群的主要依托单位之一。

1956年5月29日，在原华东农业科学研究所农具系基础上筹建农业部南京农业机械化研究所。

1957年10月15日，经国务院批准成立，隶属农业部．由中国农业科学院领导。

1965年8月，转归八机部中国农业机械化科学研究院领导。

1969年2月，下放江苏省，同年10月，该所撤销，人员并入淮阴市清江拖拉机制造厂。

1974年，省革命委员会决定：将下放的原南京农机化所与下放在六合县的原江苏省农业机械科学研究所的人员调集在南京市中山门外柳营成立江苏省农业机械化研究所，隶属江苏省机械工业局。

1979年7月，经国务院批准，恢复南京农业机械化研究所，由农业部与江苏省双重领导，以农业部为主。

2018年，根据中央机构编制委员会办公室《关于农业农村部所属事业单位机构编制的批复》，研究所名称由“农业部南京农业机械化研究所”变更为“农业农村部南京农业机械化研究所”。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所有在职职工232人，其中研究员19人、高级工程师57人。

国务院特殊津贴专家：胡志超、谢焕雄

农业部人才培养“神农计划”人选：吴崇友

中国农科院跨世纪科技开发与技术推广带头人：陈巧敏

中国农科院农科英才领军人才：胡志超

江苏省六大人才高峰高层次人才：胡志超

江苏省“333工程”培养对象（第三层次）人才：陈巧敏、谢焕雄

江苏省中青年首席科学家：胡志超

江苏省有突出贡献中青年专家：胡志超、谢焕雄

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所拥有8个科技创新中心，2个实验室；1个农业部重点开发实验室；1个中国农科院重点开发实验室，1个农业部工程技术中心，1个江苏省工程技术研究中心，1个中国农业科学院工程技术中心，1个南京市工程技术研究中心，1个中国农业科学院观测试验站。

农业部重点开发实验室：农业部农业机械重点开放实验室

中国农业科学院重点开发实验室：中国农业科学院农业机械重点开放实验室

农业部工程技术中心：农业部南方种子加工工程技术中心

江苏省工程技术研究中心：江苏省农作物机械化收获装备工程技术研究中心

中国农业科学院工程技术中心：中国农业科学院农业工程技术中心

南京市工程技术研究中心：南京市农业机械工程技术研究中心

中国农业科学院观测试验站：中国农业科学院农业机械野外科学观测试验站

所属科技创新中心：主要农作物生产装备工程技术中心、农业资源开发与设施农业工程技术中心、农副产品加工工程技术中心、植保与环境工程技术中心、农机化发展研究中心、特色经济作物生产装备工程技术中心、农机质量控制与检测中心和农业工程规划设计中心

所属实验室：油菜机械功能实验室、花生机械功能实验室

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所共获得各类科研成果1300多项，各类科技奖励160多项，其中国家、部、省级奖励120多项，国家发明和实用新型专利百余项。

《中国农机化学报》是中华人民共和国农业农村部主管、农业农村部南京农业机械化研究所主办的我国农业机械化领域指导性和权威性学术刊物，是《中国期刊全文数据库》（中国知网）、《中文科技期刊全文库》（万方数据库）、《中国科技期刊引证报告》、重庆维普数据库等多个数据库的统计源期刊，是全国中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国农业核心期刊。

《农业开发与装备》由中华人民共和国农业农村部主管，农业农村部南京农机化研究所主办，是集技术性、研究性、实用性于一体的综合性一级期刊，被中国学术期刊综合评价数据库、中国学术期刊（光盘版）、中国核心期刊（遴选）数据库、中文科技期刊数据库、中国期刊全文数据库、万方数据数字化期刊群等多家国内权威数据库全文收录。

2020年，农业农村部南京农业机械化研究所被评为2019年度中国农业科学院平安建设优秀单位。

2022年4月，农业农村部南京农业机械化研究所农机化发展与智能信息研究中心被授予江苏省工人先锋号。

根据2020年4月研究所官网招生简章显示，农业农村部南京农业机械化研究所共有1个二级学科博士学位点和4个二级学科硕士学位点。

学术学位二级学科硕士点：农业机械化工程、农业工程与信息技术、农业管理、农业经济管理

学术学位二级学科博士点：农业机械化工程

博士后科研工作站：农业农村部南京农业机械化研究所博士后科研工作站

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所有博硕研究生导师36人。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所助学金及助研津贴最低标准为第一学年：1500元/月；第二、三学年：2300元/月。学业奖学金入学当年均为8000元；入学第二、三年分为一等（9000元/年，20%比例），二等（8000元/年，80%比例）一年一评。研究生在学期间可申请国家及中国农业科学院研究生院等设立的各类奖学金，如国家奖学金、学业奖学金、研究生入学优异奖、“大连三仪奖学金”、“先正达奖学金”、中期考核优秀奖、优秀毕业生奖等。

农业农村部南京农业机械化研究所标识由上下两部分组成，上部分为三物体的组合，分别是代表机械的齿轮，代表农业机械化的特殊标识，以及环绕的稻穗。下方为研究所的英文简写。

所训：守初心服务三农、担使命器利农桑

发展目标：以科学研究为根本，以产业开发为动力，以社会服务为依托，以管理创新为抓手，坚持科学研究、产业开发和服务社会三位一体