农业农村部沼气科学研究所成立于1979年，直属中国农业科学院，地处四川成都，是沼气领域集研究、技术开发和培训为一体的国家级科研机构，担负着国家有关农村能源及环境保护方面重大基础及应用研究任务。

1979年，依据“国发﹝1979﹞222号”文件批准成立农业农村部沼气科学研究所。

1983年，更名为“农牧渔业部成都沼气科学研究所”。

1988年，更名为“农业部成都沼气科学研究所”。

1996年，更名为“农业部沼气科学研究所”。

1997年，划归中国农业科学院管理。

2019年，更名为“农业农村部沼气科学研究所”。

2022年10月21日，四川省农业产业技术创新联盟成立。农业农村部沼气科学研究所为参加联盟的首批成员 。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所设岗142人，有在职职工114人，离退休职工105人。在职职工中正高级13人、副高级26人、中级30人，拥有博士学位的14人、硕士学位的38人。有享受国务院特殊津贴获得者13人，农业农村部有突出贡献专家3人，四川省有突出贡献专家1人，中国农科院杰出人才10人。（以下名单不全）

农业农村部有突出贡献的中青年专家：邓宇

全国农业科研杰出人才：邓宇

中国农科院三级杰出人才：胡国全、施国中、张敏

四川省学术和技术带头人后备人选：何明雄、王文国

四川省杰出青年学术技术带头人培育计划：王文国

中国农业科学院“科研英才培育工程计划”：何明雄、王文国、代立春、白丽萍

中国农业科学院“农科英才”计划：何明雄

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所下设3个部门、6个科技创新团队及4个支撑部门，并建有一批科技创新平台。此外，还设有“联合国粮农组织沼气技术研究培训参考中心”、“农业行业特有工种职业技能鉴定站”等行业技术服务与成果转化平台及四川省双流县公兴基地等科技支撑平台。

省部级重点实验室：农业农村部农村可再生能源开发利用重点实验室

省部级科研中心：四川省沼气工程中心、四川省厌氧微生物资源中心

省部级合作基地：四川省沼气技术国际科技合作基地

农科院研究中心：中国农业科学院农村能源新材料应用研究中心

科技创新团队：能源微生物团队、秸秆资源化利用团队、畜禽粪污能源化利用与污染控制团队、乡村人居环境污染治理团队、生物质发酵产品质量与安全风险评估团队、农业生物质能源与人居环境发展战略及政策团队

支撑部门：成果转化服务中心、可再生能源产品检测技术研究中心、培训与信息研究中心、后勤服务中心

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气产品及设备质量监督检验测试中心有固定、专用实验办公用房23间，实验室面积680平方米，室外试验场600平方米，专用仪器设备175台（套）。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所共承担并完成400项国家和部省级科研项目，其中有30余项科技成果获国家和省部级科技进步奖，获得专利27项，主持、参与制定或修订沼气行业国家标准规范32项。此外，完成了600余项大中型沼气工程设计、施工与调试，项目涉及工业有机废水、城镇生活污水、大型畜禽养殖场废弃物厌氧消化处理及达标排放处理。

《中国沼气》杂志（季刊）创刊于1983年，由中华人民共和国农业农村部主管，中国沼气学会和农业农村部沼气科学研究所主办，曾获《中国学术期刊（光盘版）》CAJ-CD编辑规范执行优秀奖。2005年获中国期刊协会农业期刊分会优秀编辑奖，分别被清华大学国家光盘中心《中国学术期刊（光盘版）》；中国科技信息研究所万方数据库《中国核心期刊（遴选）数据库》；重庆维普《中国科技期刊数据库》等数据库收录 。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所有学术学位二级学科硕士点5个、学术学位二级学科博士点1个以及专业学位硕士类别1个。

学术学位二级学科硕士点：微生物学、生物化学与分子生物学、农业生物环境与能源工程、环境科学、环境工程

学术学位二级学科博士点：农业环境学

专业学位硕士授权类别：资源利用与植物保护

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所有博导1人、硕导17人，在读硕士研究生18人。

根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部沼气科学研究所研究生入学第一年学业奖学金不分等级，博士研究生10000元/人、硕士研究生8000元/人。第二年开始根据实际情况分为一、二等奖；硕士由中国农业科学院研究生院发放助学金800元/人/月，研究所发放助研津贴1100元/人/月，博士由中国农业科学院研究生院发放助学金1750元/人/月，研究所发放助研津贴1600元/人/月。

农业农村部沼气科学研究所形象标识为同心圆设计，外环为研究所中英文全称环绕，内环中心为“沼气”状象形物体，在外环绕着线条状小圆环，象征着研究所“沼气研究”的属性。

发展目标：构筑中国生物质资源利用技术高地，引领和支撑中国以沼气建设为主体的农村能源与环境交叉领域的行业科技发展。