中国渔政指挥中心，即农业部渔政指挥中心，对外称“中国渔政指挥中心”，成立于2000年5月17日，是直属农业部的正局级机构。

一、受农业部委托，承担全国渔业统一综合执法行动的指挥、协调任务，根据农业部授权，对重大渔业违规案件进行调查处理。

二、承担专属经济区渔业执法检查的指挥工作；根据双边渔业协定对共管水域组织实施渔业执法检查；受农业部委托组织和协调有关国家和地区对口渔业执法机构，开展海上联合执法检查。

三、组织实施跨海区、跨流域、跨省（自治区、直辖市）和边境水域的渔业执法行动。负责拟定重要渔业执法检查计划，经批准后组织实施。

四、承担渔业重大事故、纠纷、突发事件和涉外事件的处理、统计和分析，负责应急值班的日常管理工作。负责渔船间重大水上交通事故的调查处理工作，参与调查处理渔业污染事故。

五、承担全国渔业无线电通信、导航的业务技术指导工作；拟定全国渔政管理指挥系统建设计划，经批准后实施。具体承担系统建设、管理和维护工作。

六、受渔业局委托，组织指导全国渔业行政执法队伍建设工作。负责渔业执法证件和制服管理，承担有关执法装备的政府采购工作。负责重大渔政基本建设项目执行情况的监督检查。

七、受渔业局委托，承担全国水生野生动植物保护管理及执法检查工作。

八、承办农业部交办的其它事项。

办公室（财务处）

协助中心领导处理日常政务工作，负责议定事项的督促落实；负责组织起草有关综合性文件、材料，拟定中心内部管理的规章制度，并监督实施；负责文件的审核、运转、收发及归档管理；负责组织协调中心工作规划及重大问题的调研；负责中心财务和固定资产的登记、管理；承办中心人事、保密、安全方面的工作事宜，协助党群组织开展工作。

指挥处

负责拟定专属经济区巡航检查、重大渔业执法行动计划，经批准后组织实施；承担与周边国家和地区共同进行联合渔业执法检查的组织、协调工作；经农业部授权，负责渔政船的注册、发证和监督管理，承办双边渔业协定相互入渔手续的办理和进出水域的各类通报、渔船标识、渔捞日志及海上监督检查等工作的组织落实。

调查处

承担渔业重大事故、纠纷、突发事件和涉外事件的处理、统计和分析；负责渔船间重大水上交通事故的调查处理工作；负责拟定渔业应急事件的处理规则，渔业应急事件处置网络的规划建设；负责渔业海难救助的组织协调工作，拟定全国海难救助补助方案并负责组织实施；负责渔业紧急事件应急值班的业务处理工作。

信息处

提出全国渔政管理指挥系统的建设计划，承担系统的建设、管理与维护任务。受农业部委托起草渔业无线电管理法规、通信和导航设备的技术规范，并组织实施；受农业部委托提出渔业无线电通信网的建设规划，经批准后组织实施，并对通信网运行情况实施监督管理；对渔政船、重点渔船实施船位监测；负责组织收集周边国家及有关国际组织的渔业信息；承担渔业信息系统的人员培训工作。

督导处

受渔业局委托，组织指导全国渔业行政执法队伍建设工作；组织编制渔业行政执法队伍建设规划、装备建设规划、督察工作规划和人员培训规划，经批准后组织实施；组织重大渔业行政执法违规案件的查处，发布渔业行政执法督察通报；负责渔业执法证件和制服管理；承担有关执法装备的政府采购工作，负责重大渔政基本建设项目执行情况的监督检查工作。

水生野生动植物保护处

组织制定相关政策、法规、规划并组织实施；组织指导水生野生动植物资源调查、监测和统计工作，拟定、调整国家重点保护水生野生动植物名录；指导水生野生动植物自然保护区（含渔业湿地）的建设和管理；承办水生野生动植物及其产品的特许利用和进出口审批等工作；承担《濒危野生动植物种国际贸易公约》等国际公约的履约工作；指导全国水生野生动植物资源保护费的征收、使用、管理和监督工作。