分离纯化蛋白质的方法有透析、超滤法、盐析，透析是利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。

* 透析(dialysis)利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。

* 超滤法

应用正压或离心力使蛋白质溶液透过有一定截留分子量的超滤膜，达到浓缩蛋白质溶液的目的。

*丙酮、乙醇等有机溶剂沉淀法，可破坏蛋白质的水化层，在0～4℃低温下，使蛋白质沉淀。环境温度高等不良因素影响下，有机溶剂可促使蛋白质变性。

*盐析(salt precipitation)是将硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等加入蛋白质溶液，使蛋白质表面电荷被中和以及水化膜被破坏，导致蛋白质沉淀。

* 免疫沉淀法：利用特异抗体识别相应的抗原蛋白，并形成抗原抗体复合物的性质，可从蛋白质混合溶液中分离获得抗原蛋白。

* 电泳法：蛋白质在高于或低于其pI的溶液中为带电的颗粒，在电场中能向正极或负极移动。这种通过蛋白质在电场中泳动而达到分离各种蛋白质的技术, 称为电泳(elctrophoresis) 。几种重要的蛋白质电泳：

*SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳，常用于蛋白质分子量的测定。

*等电聚焦电泳，通过蛋白质等电点的差异而分离蛋白质的电泳方法。

*双向凝胶电泳是蛋白质组学研究的重要技术。

* 层析(chromatography)或色谱法：待分离蛋白质溶液（流动相）经过一个固态物质（固定相）时，根据待分离蛋白质的颗粒大小、电荷多少及亲和力等，使蛋白质组分在两相中反复分配，并以不同速度流经固定相而分离蛋白质。凝胶过滤（分子筛，gel filtration；排阻色谱）：利用各蛋白质分子大小不同分离。

离子交换：蛋白质的电荷量及性质不同。

阳离子交换剂：CM-纤维素

阴离子交换剂：DEAE-纤维素

亲和层析：抗原-抗体，配体-受体，金属离子，生物素等

高效液相（HPLC）：反相HPLC，离子HPLC，凝胶过滤HPLC

* 超速离心法(ultracentrifugation)：根据蛋白质的分子量与形状分离。