刘云军2012年赴
新疆和田开展卫生对口支援，为期一年；2016年7月挑起北京医疗精准帮扶青海玉树的重担，为期三年。援派期间，推行“院长＋团队＋改革”的医疗援青模式，组建和开展14个新学科、6个新病区、168项新技术，培养101名技术骨干；0—1岁婴幼儿死亡率下降12％，三胞胎成功救治创造了藏区早产极低体重儿存活的历史。建立健康扶贫智慧分级诊疗、高原适应研究康复玉树分中心，为当地百姓造福。动员社会力量，为白内障、
骨关节病、先心病等513名患者提供免费救治；为
建档立卡贫困户“五免六减”“一兜底”，162人得到实惠。为困难家庭、贫困群体捐款18000余元，避免因病致贫、因病返贫发生。2017年带领青海省玉树州人民医院荣获“全国卫生计生先进集体”等3项国家级荣誉；2018年医院顺利通过三级医院评审；2019年医院在青海省61家医疗机构4项考核综合排名中有3项进入全省前三名。