利奥九世（1002-1054在世），出身德国伯爵，皇帝亨利三世的表兄弟。狂热的克吕尼派僧侣。任教皇时期，教权得到进一步增强。他下令改组教廷，高级神职人员均由克吕尼派僧侣 担任。要求各级教士实行严格的独身制，防止教产转移到俗人手中。宣布所有教产都属于教皇，应向罗马教廷纳税。

三位教皇同时在位、互相攻击的时候以本尼狄克九世最坏、最无耻，他竟然将教皇职位出售。为了结束这种混乱局面并维护健全的教皇制，克吕尼运动的改革家们决定向神圣罗马帝国皇帝德国的亨利三世求援。

亨利三世是一位虔诚的信徒，非常赞赏克吕尼运动。于是在他的领导下，开了一次宗教会议，把西维斯特三世革职，同时格列高利六世辞职，并将他放逐到德国。他又召开另一次会议，将本尼狄克九世革职。教皇座位本来就不能容三人同坐。自此，三位竞争者相继被摔下了宝座。

为了避免再卷入罗马的腐败，亨利三世另选一位德国主教就任教皇职，就是教皇克雷芒二世。然而这个教皇与继任的教皇达马苏斯二世都很短命，在位不久就去世。亨利便指派自己的表兄弟、土尔主教为教皇，是为利奥九世。也是教皇史上第4位，也是和他的两个前任一样的德国人。利奥九世在位五年(公元1049一1054年)，是克吕尼运动的强力支持者，正因为他有改革的热诚，才被皇帝指派为教皇。

他一登位就非常忙碌，首先是改组枢机主教会议(College of Cardinals)。原来在罗马早已存在所谓红衣主教，这些红衣主教是教皇个人的助理及顾问。从形态上看，红衣主教会议和教皇的关系正如内阁和总统之间的关系一样。

利奥九世即位之初，就发现这个红衣主教会议全部成员都是罗马人，他们来自罗马的贵族，长期控制教皇，腐化了教皇制，而且不理会克吕尼革新运动。教皇利奥九世重新任命接受克吕尼运动的人为红衣主教，并从不同地区挑选新的红衣主教。这样，围绕着他的一群顾问，不但是他可以信任的人，而且是来自欧洲不同地区的人。?这样新教皇不遗余力地推动革新，他走遍德国、法国，在各地召开宗教会议，也在各地加强教皇的权势。他所做的一切事，深得克吕尼修道院院长笋哥(Hugo)的合作。他强调三件事：(一)神甫绝对禁止结婚。(二)不得实行圣职买卖。(三)非经圣职人员及会众选举，没有人可担任教会职务。

然而教皇利奥九世在位时也有难处。我们还记得东西方教会之间早有歧异，距离日远，教会仍是一体。直到利奥九世在位，东西方教会才正式决裂。这事导因于利奥九世与君士坦丁堡主教长瑟如拉留(Michael Cerularius)之间的不睦。公元1054年，教皇利奥九世的代表拿着教皇革除瑟如拉留教籍的诏谕，放在君士坦丁堡圣苏菲亚教堂的圣坛上。主教长瑟如拉留盛怒之下，一报还一报，也革除了教皇利奥九世的教籍。于是东西方教会正式分裂为二：东方为希腊教会，西方为拉丁教会。教皇利奥九世去世后，德皇亨利三世又指派一位德国人为教皇，号称维克托二世。