北京交通大学交通运输学院（School of Traffic and Transportation，Beijing Jiaotong University）历史渊源追溯到1896年，前身是清政府创办的北京铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校；“北京铁路管理传习所”创办的铁路管理班为交通运输学院创建之始。

1909年，北京交通大学的前身“北京铁路管理传习所”创办铁路管理班，为交通运输学院创建之始。秉承“造就铁路管理人才”的办学宗旨，为中国铁路运输事业初创输送了第一批铁路运输人才，是我国现代交通运输教育的发源地。

1921年，北京、上海、唐山三校合并，定名为国立交通大学，学校更名为国立交通大学北京学校，下设铁道运输管理系。

1928年，建立学生铁路车站实习制度，明确“知行”统一的教育思想。

1934年，扩建交通博物馆，开创交通运输专业实验室教学活动的先河。

1938-1946年，抗日战争期间随学校先后在湖南湘潭和湘乡、贵州平越以及重庆办学。

1950年，参照苏联铁路高校的教学计划培养铁路运输专业人才，增加工程训练课程，铁道运输管理系更名为铁道运输工程系。

1951年，建成新中国第一个以教学为主的交通运输实验室—铁道陈列馆，现名运输设备教学馆。铁道运输工程系分为铁道车务系和铁道商务系。

1954年，根据苏联铁道经营的全套教学计划开始培养第一批研究生。

1956年，铁道车务系更名为铁道运输系。根据铁道部高校发展规划要求，铁道运输系支援唐山铁道学院（现西南交通大学）、长沙铁道学院（现中南大学铁道校区）、兰州铁道学院（现兰州交通大学）重组或新建铁道运输系，一批师资被分派到各校。

1956年，建立货物运输条件实验室，对冷藏运输、阔大货物运输和危险品运输等开展科学研究与教学活动。

1972年，根据国家援建坦赞铁路协议，接纳坦赞留学生，为其培养铁路运输管理人才。

1977年，恢复高考后，全面修改了专业教学计划，增设工程数学、计算机等课程。

1981年，国务院学位委员会批准运输管理工程专业的硕士学位授予权，成为我国首批硕士学位授予点。

1985年，铁道运输系更名为运输管理工程系。增设综合交通本科专业。系统分析专业获硕士学位授予权。

1986年，国务院学位委员会批准运输管理工程专业的博士学位授予权，成为我国第一批博士学位授予点。

1987年，国务院学位委员会和国家教育委员会评估后，运输管理工程学科被评为国家重点学科。

1993年，运输管理工程专业被批准建立博士后流动站。

1996年，由运输管理工程系、管理科学研究所（1982年成立）、应用系统分析研究所（1985年成立）、运输系统模拟中心（1987年成立）、自动化系统研究所（1992年成立）等单位组建成立交通运输学院。

2002年，交通运输学院重组，设立运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、系统工程与控制研究所、系统科学研究所和“交通运输系统模拟”铁道部开放实验室。

学院现设有运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系、物流工程系5个系，开设交通运输（含铁道运输、城市轨道交通、智能运输工程、高速铁路客运组织与服务、民航运输五个方向）、交通工程、物流工程、电子商务4个本科专业。

学院现有教职员工208人，其中教授55人，副高职称教职工84人。“国家杰出青年基金获得者”1人，“俄罗斯自然科学院外籍院士”1人，“长江学者”特聘教授1人，“万人计划”科技创新领军人才1人。

学院拥有3个博士后流动站，4个一级学科博士点、3个一级学科和2个二级学科硕士点（系统科学，博/硕；控制科学与工程，博/硕；交通运输规划与管理，博/硕；安全科学与工程，博/硕；电子商务，硕），2个专业硕士点（交通运输；物流工程与管理）。在2016年全国第四轮学科评估中，系统科学学科排名第一（位列A+档），交通运输工程学科排名并列第三（位列A-档），安全科学与工程学科位列B-档。

学院先后组建了：北京交通大学综合交通研究中心、“城市交通复杂系统理论与技术”教育部重点实验室、北京市城市交通信息智能感知与服务工程技术研究中心、北京交通大学铁路危险货物运输研究实验室，作为骨干成员参与“轨道交通控制与安全”国家重点实验室建设。

学院长期坚持理论与实践相结合的教育科研理念，在交通运输工程、系统科学等学科领域研究中取得了丰硕成果，主持100余项国家重点研发计划、国家“973”、“863”、科技支撑计划、国家自然科学基金项目等国家级科研项目；作为主办单位，创办了《Journal of Transportation Safety & Security》《交通运输系统工程与信息》《都市快轨交通》等交通领域知名学术期刊；主办、承办ICTTS、ICRE、ICIRT、COTA等国际学术会议，显著提高了国际影响力。