医学方法论研究医学方法的性质、特点、地位、作用，哲学方法和自然科学一般方法在医学的运用及须遵循的原则，医学专业方法形成和发展的机制和规律，医学方法的历史和现状，医学方法的体系及其内部关系，并回答医学发展中所面临的现实的方法论问题。
医学方法论的研究内容体现着科学方法论的一些共性，但更重要的是
研究和解决医学方法的一些特殊性问题。
历代医家对方法的研究都很重视，
提出许多十分重要的论点，中医学在“理法方药”中把方法放在重要位置，而医学方法论作为一项专门的学说，是在20世纪后期特别是70年代以后建立起来的，其理论体系正在不断丰富和发展。