十三年战争发生于1454-1466年，是普鲁士联盟与波兰王国结盟共同对抗条顿骑士团国的战争。

在15世纪，普鲁士的各城镇处于经济快速发展时期，然而这种结果并非来源于它们自身政治影响力的提高。条顿骑士团的统治在当地人看来是多么的不合时宜，高昂的关税和粮食专卖制度（进行粮食贸易的商人必须缴纳大批金钱购买专卖权）阻碍了当地经济的发展。与此同时，当地贵族更渴望在乡村的发展中获得更多权力。骑士们被认为侵犯了贵族和城市的特权。当地手工业者也因为要与随骑士团而来的德国工匠竞争而心存不满。卡舒布语、波兰语、德语在普鲁士地区渐趋融合，各民族间的差异也在逐步消失，各种族的目标渐趋一致，普鲁士各种社会团体也变得更优越，同时，政治态度也更倾向波兰。

1397年，普鲁士的骑士建立了一个秘密组织——“蜥蜴同盟”（Lizard Union），对抗条顿骑士团，后来由于得不到城镇居民的支持而失败。在1409-1411年战争期间，波兰-立陶宛联盟取得了格伦瓦尔德战役（坦伦堡战役）后，普鲁士人立即宣布向波兰国王雅盖沃二世效忠。不久，波兰军队受挫于马林堡的坚城之下，被迫退兵，普鲁士人重新回到了骑士团的统治之下。战后的《第一次托伦和约》有一项条款规定，若条顿骑士团违反和约，普鲁士人有权利进行反抗。在随後的一系列战争中，普鲁士人都是持反对态度的，并且迫使条顿骑士团的大团长寻求和平。1440年2月21日，一些普鲁士城市由贵族与教士领导成立了“普鲁士联盟”，其中最主要的城市有托伦、库尔姆（海乌姆诺）、埃尔宾、但泽。骑士团大团长保罗·贝伦泽·冯·鲁斯道夫承认了该联盟的存在。但他的继任者康拉德六世·冯·厄裏克豪森却拒绝了联盟的地位。这种不妥协的政策在1450年继任大团长的路德维希·冯·厄裏克豪森执政期间得到延续和增强。

在1452年，普鲁士联盟请求神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世调解与条顿骑士团之间的冲突。1453年12月5日，腓特烈三世敕令普鲁士联盟必须服从条顿骑士团的命令，遭到联盟的反对。面对这种形势，普鲁士联盟在托伦、波美拉尼亚、库尔默兰等地贵族的要求下求助于波兰。普鲁士联盟得到波兰国王卡齐米日四世之母索菲亚的支持。但颇具影响力的克拉科夫大主教Zbigniew Oleśnicki却表示反对，并企图阻止战争的爆发。

1454年1月，当波兰国王卡齐米日四世与哈布斯堡王室联姻之时，普鲁士请求将其并入波兰王国，卡齐米日四世要求普鲁士联盟提交一份正式的请愿书。1454年2月4日，普鲁士联盟秘密议会向条顿骑士团大团长递交了一份表示反抗的正式文件。两日后，普鲁士联盟开始起义，起义很快蔓延至普鲁士全境。除了马林堡、什图姆、霍伊尼采等地之外，普鲁士所有的城市都脱离了条顿骑士团的统治，起义者捣毁他们所占领的骑士团城堡。1454年2月10日，普鲁士联盟派出一个正式的代表团到波兰，请求波兰国王卡齐米日四世接收普鲁士。1454年3月6日，波兰国王卡齐米日同意将普鲁士收归版图，普鲁士联盟向国王宣誓效忠。在同一日，波兰国王同意给予普鲁士的城市和贵族广泛的特权。三日后，代表团团长Johannes von Baysen被波兰国王任命为第一任普鲁士行政长官。4月15日后，除瓦尔米亚主教区外，普鲁士所属地区都向新统治者宣誓效忠。1454年2月22日，波兰王国向条顿骑士团国宣战，双方都预期战争能在短期内结束。

1454年，尽管卡齐米日四世以波兰国王的身份兼任立陶宛大公，但波兰与立陶宛之间发生了冲突。立陶宛在战争期间除了一些无意义的袭击行动外，并没有向波兰提供有效的援助。当然，有部分原因是由于立陶宛受到莫斯科公国和已于1453年攻陷君士坦丁堡的奥斯曼帝国的威胁。

国际形势对波兰也是有利的，没有外来的势力干涉这场战争。由于波希米亚在胡斯战争中受到重创而变得衰弱，短期内无法解决的内部冲突使其无暇顾及波兰与条顿骑士团的战争。尽管汉萨同盟对普鲁士城市持同情态度，但由于条顿骑士团给予了他们额外的特权，汉萨同盟转而支持条顿骑士团。立窝尼亚骑士团因为与丹麦的矛盾，无力支援条顿骑士团。瑞典与丹麦发生冲突，双方都对“十三年战争”中的双方持中立态度。法兰西与英格兰在经历了百年战争后变得衰弱了，而且英格兰又陷入了内战当中（玫瑰战争）。勃艮第、佛兰德斯、尼德兰公爵“好人”腓力正忙于整合其治下领土，企图建立一个独立的勃艮第王国。教皇尼古拉斯五世更关注如何抵挡奥斯曼帝国的西侵。

当时波兰军队主要是来自于各级贵族，国内所有贵族在得到国王召令后必须带同其领地内的管理人员应征入伍。城市则负责提供马匹、粮食和运送补给。战斗的单位分为两个来源，一是来自于一些大的古老宗族，一是来源于拥有领地的贵族和骑士。同时，波兰国王也会临时征召大量农民充当步兵。波兰军队总计约为30000人。

15世纪初，波兰王国也开始使用雇佣兵，他们通常来自战斗于“圣乔治十字”旗下的人，这些人大多数来自波希米亚。“圣乔治十字”旗通常是白底红十字或红底白十字，后者通常用于波希米亚人同时出现于敌对双方的阵营中，以此用以相互区别。波兰军队通常使用塔波尔派军队的常用战术，这是一种学自波希米亚人的重要战术。波兰军队装备了射石炮，这是一种原始的加农炮，但在战场上的作用十分有限；同时，他们大量装备弩，这种制式武器若能运用得当，能在战场上造成大量杀伤。

普鲁士的军队由城市提供的征召兵组成，总数约有16000人，另外还有少量的武装农民。他们装备的火炮比波兰军队多。普鲁士联盟还拥有一支小型舰队，由武装商船和雇佣自其他城市的私掠船组成。

条顿骑士团在1454年失去了大多数的军械库，但仍组织起由骑士和武装农民组成的军队，但大部分军队仍是雇佣军，主要来自德意志和波希米亚。

战争的第一阶段从1454年4月开始至八月结束。普鲁士联盟的军队在波希米亚雇佣军和小波兰的军队支援下企图包围条顿骑士团国首都马林堡，但被骑士团副统帅海因里希·冯·大罗伊斯击败。同时，条顿骑士团从德意志若干邦国获得了援军，援军大多数来自萨克森。1454年3月下旬，援军从诺伊马克方向进入普鲁士，成功占领了战略要地霍伊尼采，此城位于波兰至维斯瓦河口的主要路线上。波兰军队的主力移动至霍伊尼采附近，由Mikołaj Szarlejski统一指挥。

1454年4月末，普鲁士军队开始围攻霍伊尼采，负责该城防务的是海因里希·冯·小罗伊斯。由于Szarlejski缺乏指挥能力，而且普鲁士军队缺少攻城火炮、无力支付雇佣军的酬金，霍伊尼采得以保存。卡齐米日四世在获得托伦和埃尔宾的效忠宣言后，将注意力转向了霍伊尼采，并带兵前来增援。由于波兰的骑士不善于攻城，围城军队的增加并未对霍伊尼采的骑士团守军造成威胁。骑士团军队不断地击退波兰与普鲁士联盟的军队，并于1454年9月击败波兰来自但泽方向的援军。

波兰的形势开始变得不利，1454年9月，一支强大的雇佣军在萨冈的鲁道夫和波希米亚的伯恩哈德·冯·辛尼伯格指挥下从神圣罗马帝国抵达波兰。这支军队拥有9000名骑士和6000名步兵，还携带了大量火炮。鲁道夫的军队缓慢地向霍伊尼采推进，试图解除波兰军队对该城的围攻。波兰国王卡齐米日四世被迫绕过地区议会，在大波兰就地征召民兵。贵族们对于波兰国王的这种非常规征召和破坏收成的行为感到极为不满，他们集合起来向国王要求更多的特权，双方在1454年9月14日达成协议。卡齐米日四世将军队分为七路，再次向霍伊尼采进军。1454年9月18日，骑士团军队在霍伊尼采大败波兰军。这次失败是灾难性的，波兰军被迫从马林堡撤围，什图姆也被骑士团夺回。随后，骑士团乘胜收复格涅夫和特切夫。随着条顿骑士团的胜利，一些普鲁士联盟的城市开始重新倒向骑士团。这使条顿骑士团的局面大为改观，但骑士团已无力支付雇佣兵的佣金。1454年10月9日，骑士团大团长向雇佣军保证最迟将于1455年2月19日付清所有佣金，若未能按期支付，则雇佣军有权获得普鲁士境内的城市、城堡及与之相关的权利。随后，骑士团的雇佣军攻占了马林堡附近的克维曾和瓦辛。普鲁士其他重要城市无一投降，决定继续战斗。

为了挽回不利的形势，波兰国王卡齐米日四世招募了大量的波希米亚和西里西亚士兵，并将他们调到波美拉尼亚、波美萨尼亚和库尔默兰的城市。卡齐米日四世还在全波兰范围内开始第二次大规模的征兵。小波兰贵族乘机要求获得卡齐米日四世给予大波兰贵族的特权，他们很快就获得了批准。1454年11月11-16日，波兰国王卡齐米日通过《涅沙瓦法令》正式承认了给予贵族阶层的各种特权。

此时，波兰组织了一支约为30000人的军队，另有3000名雇佣兵，拥有简·科尔达、简·科尔斯基和瓦伦斯坦等经验丰富的将领。波兰军开始围攻瓦辛，但由于准备不足，未能破城。

1455年1月9-10日，双方进行了第一次的谈判，但未获成功。波兰国王卡齐米日四世的处境变得艰难了。为了支付雇佣军的酬金，他不得不向教会借款。另外，卡齐米日四世决定将两座城市作为采邑封给波美拉尼亚的埃里克二世，希望他能保证北波美拉尼亚的安全。为了平息反对的声音，卡齐米日四世随后前往立陶宛，直至1455年的夏季才返回波兰。

在这种形势下，条顿骑士团得以收复了东普鲁士。1455年6月14日，最后一座效忠于波兰的城市奈弗夫在经历了长期围攻后被条顿骑士团攻克。波兰军队屡战屡败，随后又失去了瓦尔米亚。然而，在1455年，由于骑士团无力支付雇佣军的酬金，被迫将马林堡、特切夫、埃劳三座城市交给波希米亚雇佣军。雇佣军随即通过谈判将三座城市卖给波兰。

国际形势在1455年也发生了改变。神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世向普鲁士联盟颁发禁令，禁止其成员的一切对外贸易。1455年9月24日，教皇加里斯都三世发出警告，若普鲁士联盟及其盟友不与条顿骑士团和解，则将其开除教籍。1455年6月，丹麦国王克里斯蒂安一世向波兰与普鲁士联盟宣战，成为条顿骑士团的盟友。尽管此时，丹麦正忙于与瑞典的战争，但这也意味着波兰与普鲁士联盟在波罗的海的贸易会受到大规模的破坏。

在丢失了奈弗夫后，波兰国王卡齐米日四世由于财政上的困难，已无力雇佣新的佣兵，也无法在国内大规模征召新兵。波兰在勃兰登堡侯爵腓特烈二世的调解下停止了军事行动，与条顿骑士团媾和。波兰提出，要求条顿骑士团离开东普鲁士，前往波多利亚讨伐异教徒。条顿骑士团由于近期所取得的一系胜利，拒绝了这一要求。谈判于1455年9月26日终止，战端重启。

波兰的军队比以前更庞大，包括来自红鲁塞尼亚的士兵、立陶宛的鞑靼人、西里西亚的雇佣兵。波兰军队攻占莱西恩后，向格鲁琼兹进军，但被征召的贵族拒绝，他们上交更多的税款，要求卡齐米日四世雇佣更多佣兵来代替他们。此时，条顿骑士团收复重镇梅梅尔，但在其他方向的进攻都被普鲁士联盟遏制了。1455年秋季，马祖里亚农民的反战情绪高涨，在条顿骑士团的领地内发动起义，起义在1456年1月1日失败。此后，军事行动仅限于小规模的冲突。

在海战方面，卡齐米日四世要求但泽组建一支能够切断条顿骑士团与其盟国海上联系的舰队。1456年5月，来自但泽的私掠船捕获了尼德兰的船只，这一事件引起了波兰与尼德兰和勃艮第公爵“好人”菲利普的冲突。1457年8月，但泽的舰队在博恩霍尔姆击败了丹麦-立沃尼亚联合舰队。

经过长期的谈判，条顿骑士团同意将包括马林堡在内的三座城堡卖给波兰。与此同时，由于沉重的赋税，但泽和托伦爆发起义，但被波兰军队镇压了。1457年6月6日，波兰与普鲁士联盟收集了190000匈牙利金币交予条顿骑士团，买回了马林堡、特切夫和埃劳三座城堡，卡齐米日四世再次确认了给予普鲁士城市的特权。此时，通常认为，随着条顿骑士团国首都马林堡的易手，战争已经接近尾声了。然而，当波兰军队在另一场攻城战中受挫后，卡齐米日四世被迫再次在国内搜集资金，以偿付债务和支付佣兵酬金。条顿骑士团在得到柯尼斯堡市民、普鲁士骑士和其他方面的支援后重新发动了攻势。尽管他们未能夺取波兰的兹纳缅斯克和森波波尔，但在1457年再次击败了波兰军队。在城市居民的支持下和伯纳德·冯·辛尼伯格的指挥下，骑士团的军队在1457年9月28日成功袭取了马林堡的市镇，只有城堡还在波兰军队的控制下。随后，虽然波兰统帅Lubieszowski成功地遏制了条顿骑士团的进攻，但骑士团仍收复了埃劳、库尔姆和 Preußisch Stargard （即现今波兰的格但斯克旧城）。直至大波兰地区的援军抵达后，波兰军队的形势才得以改善。

国际形势变得越来越复杂，新任的瓦尔米亚大主教是红衣主教西尔维奥·皮科洛米尼，此人以其亲条顿骑士团立场而闻名。1458年，皮科洛米尼当选为教皇，即庇护二世。另一件重要事件是波希米亚国王拉斯洛五世去世，波杰布拉迪的胡斯派教徒乔治当选为新的国王，与此同时，马加什一世成为匈牙利国王。

1458年春，卡齐米日四世再次在全国征召新兵入伍，此次征召范围包括了马佐夫舍公国。6月，波兰军队在波兹南领主Piotr of Szamotuly的指挥下进入普鲁士，取道维斯瓦河浮桥，进抵托伦，在此转向马林堡，并于1458年8月10日开始围攻该城。这支军队装备从但泽和埃尔宾送来的精良火炮。这次围攻由于Piotr的缺乏进取心和拙劣指挥能力而失败，反而让骑士团乘胜攻占了波兰的另一座城堡。

在下普鲁士，农民举行起义反对波兰的统治。义军占领了部份城堡并将其转交给条顿骑士团。此时，卡齐米日四世请波希米亚人约翰·杰式卡为调停人，与条顿骑士团展开谈判。波兰再次要求条顿骑士团离开普鲁士，前往波多利亚。骑士团同意了前往波多利亚讨伐异教徒，但拒绝离开普鲁士。在杰式卡的调解下，双方签置并履行为期九个月的停火协议，但普鲁士联盟不满这种结果，试图说服卡齐米日四世继续开战。

对于波兰而言，一个有利的形势是与丹麦达成了和平。丹麦国王克里斯蒂安一世征服瑞典后，瑞典国王查理八世逃至波兰，后来与但泽一起组织私掠船破坏波罗的海贸易。丹麦国王克里斯蒂安一世被迫与其签订停火协议，为期20年。

1459年，约翰尼斯·冯·贝森去世，他的兄弟赛波接任普鲁士长官的职位。条顿骑士团袭击了波兰的领地，占领了大波兰北部。巴伐利亚公爵、奥地利公爵和立沃尼亚大主教试图调停双方的冲突，但被波兰拒绝。教皇庇护二世为了扩大反奥斯曼土耳其联盟的力量，也提出了调停。他宣布暂停对普鲁士联盟的关于禁止贸易的禁令，同时也宣称此禁令是不利于波兰的。这个宣言激怒了卡齐米日四世，他回绝了教皇特使的调停。1460年3月6日，教皇再次宣布禁止贸易的禁令对普鲁士联盟和波兰王国生效。

1460年3月21日，波兰军队在但泽市民和农民的支持下围攻马林堡的市镇，这次波兰军队拥有经验丰富的统帅Lubieszowski和足够的火炮。Lubieszowski死于围城战期间，代替他的是Jan Koscielecki。1460年7月5日，马林堡的市镇被波兰军队攻克。马林堡市长布鲁姆被绞死，因为他曾经宣誓效忠波兰，后来又向条顿骑士团献出马林堡。波兰的进攻很快就遭到条顿骑士团的反击，他们收复了西普鲁士的很多城市。1460年7月，骑士团击败了但泽的军队，并焚毁了但泽市郊的村庄，但泽向卡齐米日四世求援。随后骑士团又占领了劳恩堡、韦巴、普茨克和贝图夫。条顿骑士团统帅伯纳德·冯·辛尼伯格攻占了希维切的城堡。瓦尔米亚大主教区宣布在条顿骑士团与波兰的战争中保持中立。这种中立的态度得到瓦尔米亚地区厌战的市民和农民的支持。

波兰的形势变得更为恶劣，普鲁士的城市和城堡相继被条顿骑士团收复。波兰王国内部也因为国王和教皇之间就克拉科夫大主教叙任权的争执而表现出了对未来的悲观情绪。卡齐米日四世再次在全国发布征召令。Tęczynski在克拉科夫因为要求市民交款为其部队提供盔甲而被杀的事件后，大部份波兰贵族拒绝了征召。在波兰的征召失败后，条顿骑士团收复了瓦尔米亚地区。在确信卡齐米日四世会将指挥权交予职业军人后，波兰的贵族们又缴纳了一大笔损款以招募和维持常备军。卡齐米日四世任命了一位新的统帅，Piotr Dunin，这是一位具有革新精神的指挥官。

1461年，波兰军队仅仅收复了希维切，除此之外，并未取得成功。尽管要与条顿骑士团及吕贝克的舰队作战，但是但泽雇佣的私掠船队却取得了更大的成功。1461年10月，波兰军队再次进攻普鲁士地区，占领了莱西恩和什图姆。同时，条顿骑士团也占领了包括布罗德尼察在内的一些波兰城市和城堡。波兰色姆（议会）决定增加新的税收，用于扩充波兰的正规军。1642年夏，在斯特拉斯堡（位于波兰境内，不是法国城市斯特拉斯堡）失守后，波兰再次发起重大的攻势，占领了弗龙堡。1462年9月17日，波兰军队在希维切战役中击溃了条顿骑士团的军队。1463年7月23日，波兰军队进攻米维。鉴于此地的重要战略意义，条顿骑士团大团长与统帅海因里希·冯·罗伊斯和伯纳德·冯·辛尼伯格一起率军增援。1463年9月15日，在维斯瓦潟湖之战中，条顿骑士团的舰队被波兰舰队消灭。在战役后，伯纳德·冯·辛尼伯格在条顿骑士团的批准下与波兰签订和约，退出战争，并保留了他在库尔姆兰的领地。1464年，波兰军队攻克米维。

条顿骑士团开始出现财政问题。条顿骑士团的主力军队——雇佣军因为没获得足够报酬，拒绝参与军事行动。而波兰与普鲁士联盟的军队则对骑士团持续发动进攻。然而，卡齐米日四世却无法在胜利中获益。尽管立陶宛能从普鲁士获得领土，但却拒绝支持要求条顿骑士团前往波多利亚的建议。因此，卡齐米日四世被迫在汉萨同盟介入调解下再次与条顿骑士团展开谈判。1462年7月3日，双方的谈判在托伦展开。波兰和普鲁士联盟的代表声称，波美拉尼亚自古以来属于波兰，由斯拉夫语定名为波美拉尼亚，定居者是斯拉夫人，“圣彼得税”也是由波兰支付的，因此波美拉尼亚属于波兰的弗沃茨瓦韦克主教区。他们还强调，普鲁士应与波兰合并，甚至还试图证明，未来东普鲁士也将以某种形式归并于波兰。条顿骑士团则质疑了所有波兰和普鲁士联盟提出的条件，并将其提交教廷裁判。骑士团认为，波兰以前已经正式放弃了对波美拉尼亚和库尔默兰的领土要求，同时也提出了神圣罗马帝国皇帝于1453年颁布了禁止一切普鲁士反对派活动的禁令。汉萨同盟提出双方订立20年的休战协议，波兰表示拒绝。波兰再次提出将条顿骑士团迁往波多利亚的建议也被拒绝了。波兰又提出了条顿骑士团成为其臣属的非正式建议也未获成功。最后，波兰提出要收回波美拉尼亚、库尔默兰、马林堡、埃尔宾的要求被拒绝，谈判宣告破裂。

波兰统帅Piotr Dunin再次对条顿骑士团发起进攻。同时，被骑士团的袭击行动激怒的马佐夫舍公国也征召军队，攻占了骑士团的领地佐尔道。由于财政上的问题，卡齐米日四世被迫再次前往立陶宛，同时财政问题也困扰着波兰的军队，新的一轮谈判于1465年再次开始，但也未能取得成功。1466年，瓦尔米亚大主教保罗·冯·累根斯道夫宣布加入波兰一方向条顿骑士团宣战。1466年9月28日，波兰军队攻克霍伊尼采。

波兰成功地迫使耗尽力量的条顿骑士团重新要求谈判。这次谈判由波兰教士兼外交官Jan Długosz详细记录。新的调停人是教皇庇护二世。在教皇特使鲁道夫·冯·鲁德斯海姆的协助下，双方于1466年10月10日签订了《第二次托伦和约》。条约规定，西普鲁士成为波兰王国的一个自治省，此地区即以后的普鲁士王国。瓦尔米亚大主教区归属波兰王国。东普鲁士仍由条顿骑士团控制，但是条顿骑士团成为波兰国王的臣属，骑士团的大团长担任波兰色姆（议会）的议员。此条约后来引发了教皇庇护二世与神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世的争论。

早在1454年，Ostoja家族的Jan Janski de Turze就成为了波兰的第一任格但斯克和波美拉尼亚总督。Ostoja家族在15世纪初就开始对付条顿骑士团，它采取的不仅是军事上的打击，还包括外交上的打击。Ostoja家族还设法使条顿骑士团的财政陷于困难，使其无法维持赖以战斗的雇佣军。到了Jan Janski de Turze任波美拉尼亚总督时， Ostoja家族的Szarlejski成为库亚维总督。Szarlejski曾经帮助其家族的兄弟招募雇佣军为波兰战斗。大波兰的将军、Ostoja家族的Stibor de Poniec于1457年参与此事。Ostoja家族的Stibor de Poniec、Jan Janski和Szarlejski一起招募新的雇佣军为波兰战斗。后来Stibor de Ponie利用招募雇佣军的资金支付给为条顿骑士团守卫马林堡的雇佣军，使其撤离，波兰于1457年得以兵不血刃地占领马林堡。后来，在1466年，Stibor de Poniec亲自盖印封存《第二次托伦和约》的文件。