柯南发了高烧，请假在家养病，刚好
灰原哀打电话告诉柯南发明了新的
APTX4869的解药，柯南服下后，便晕过去，梦见了十年后自己的生活：兰和园子早已是成年人，自己则和昔日的少年侦探团的成员步入高中，还创办了侦探俱乐部。而柯南却不记得这十年间发生了什么事，问灰原哀，她告诉柯南由于柯南不断服用APTX4869的解药，导致体内产生抗体，所以就再也没有变回过
工藤新一。当得知
新出医生向兰求婚后，柯南有些许不快，他便去找兰，在晚上时，柯南找到了兰，而兰坚强地说：“反正已经等了10年了，再等10年也无所谓……”虽然得知兰不会答应新出的求婚，但柯南还是要说出自己的真实身份。诧异的是，兰已经不再相信柯南就是工藤新一了……就在这时，柯南从梦中醒来，一切又回到了现实……
一切似乎都不同了。
工藤宅内的树窜了很高。
帝丹高中的
空手道社关着门，而
侦探社却建了起来，元太一样爱吃
鳗鱼饭，
步美仍然对柯南情有独钟。
服部平次成了大侦探，和叶一刻不停的吃醋，二人却对记者问道何时结婚时脸红不已。
毛利侦探事务所破旧了不少，
冲野洋子结婚隐退，毛利大叔还在借酒抒发心中的郁闷。兰开始考虑
新出医生的求婚，新一十年没有回来过，她的等待没有尽头。
十年后的
小兰，解决了M5《通往天国的倒计时》中的疑问。十年后的柯南和
灰原哀。如果真的十年过去，
黑衣组织还会追杀灰原哀吗？
OVA9的最后，柯南的眼镜、
蝴蝶结、手表摆在一起。这似乎是对结局的一种预想。彼时的柯南不再需要伪装，摘下这些，柯南就会变回新一，而成为柯南会是一段永远值得珍藏的记忆，哪怕是伤痛的，因为能在一起就是最大的幸福。
哀：听不懂你在说什么。不过你想知道这十年来发生了什么的话，我可以告诉你。在没能和组织做个了结的情况下，
时间流逝，我们升入初中，又步入了高中
兰：谢谢，为了让我打起精神，你这样对我说。但是，
我现在已经下定决心了。我已经等了10年，再等10年也没有关系