嘉庆七年（1802）进士，选
庶吉士，年甫逾冠，授
检讨，典陕西乡试。嘉庆十八年（1813），改
御史，历
给事中，章疏凡数十上。论盗风未息，由捕役与盗贼因缘为奸，捕役藉盗贼以渔利，盗贼仗捕役为护符，民间控告，官不为理，盗贼结恨，又召荼毒；直隶之大名、沧州，河南之卫辉、陈州、山东之曹州、东昌、武定，江苏之徐州最甚，请饬实力禁惩。巡漕山东，履勘泰安、兖州各属，探濬新泉四十三处，定名勒石。历
鸿胪寺少卿、
顺天府丞。
嘉庆二十五年（1820），疏言：“由陕西略阳迄东至湖北郧西，谓之南山老林；由陕西宁羌迄南而东，经四川境至湖北保康，谓之巴山老林。地皆硗瘠，粮徭极微。无业游民，给地主钱数千，即租种数沟数岭。岁薄不收则徙去，谓之棚民。良莠莫辨，攘夺时闻。一遇旱涝，一二奸民为之倡，即蚁附蜂起。州县以地方辽阔，莫能追捕，遂至互相容隐。迨酿成大案，即加参劾，事已无济。且事连三省，大吏往返咨商，州县奉文办理，恒在数月之后。与其即一隅而专谋之，何如合三省而共议之。请於扼要之地，专设大员控制。”宣宗深韪之，诏下三省会议，未果行，仅将边境文武酌就要地改驻添设。
道光四年（1824），调
奉天府丞，丁父忧去。服阕，历
太仆寺、
大理寺少卿，
太仆寺卿，
宗人府丞，
内阁学士，典江南乡试。道光十五年（1836），迁
礼部侍郎，调吏部，督浙江学政。擢
左都御史，召还京，兼管
顺天府尹事。历兵部、户部、吏部尚书、
协办大学士。二十四年，拜文渊阁大学士，晋武英殿。历管兵部、户部、工部，赐花翎。
咸丰五年，卒，年七十四，赠太子太保，谥文端。
卓秉恬性孝友，待诸弟友爱。与人交以诚。历仕三朝垂六十年，由科道荐仕至宰相，持身清正，群吏肃然。凡列九卿会议，必侃侃正辞，封事无虚月，往往不为用事者所喜，而始终无易行。精于衡鉴，先后典会试一，典江南、陕西乡试各一，典武会试一，所得名士如
殷兆镛、
冯桂芬等后并为名臣。蜀人清代显官，莫过于
张鹏翮与秉恬二人，官至正一品。
秉恬兼管京尹最久，凡十有八年。时九卿会议，一二王公枢相主之，馀率占位画诺。秉恬在列，时有辩论，不为用事者所喜。子
卓枟，道光二十年进士，官至
吏部侍郎。