南京中医药大学基础医学院是学校最大的一个教学科研机构，由中医基础学科、现代医学基础学科及部分公共基础学科组成。全院共设10个教学科研单位，其中包括正常人体形态与功能学系、人体疾病学与预防医学系、生物与生化学系、中医基础学系、中医方药学系、中医临床基础学系、中医医史文献学系、数理学系8个学系，1个教学实验管理中心和1个中医药文献研究所。另外，还设有医史博物馆和南京中医药大学门诊部。

学院目前在职教职员工144人，其中教授21人，副教授43人；正研究员3人，副研究员7人；博士生导师15人，硕士生导师27人；享受国务院特殊津贴者有3人，江苏省名中医专家4人，国家教学名师1人。在一大批建树颇丰的中医名家的带领下，一批中青年骨干教师也正在茁壮成长，有的已经在学术界崭露头角，脱颖而出，其中有省级中青年专家1人，省青蓝工程和333工程培养对象2人，博士、硕士学历的青年教师占全院中青年教师三分之二以上。

基础医学院是国家理科科学研究和人才培养基地（试办），拥有国家教育部重点学科1个——中医医史文献学科；国家中医药管理局局级重点学科建设单位3个——中医医史文献学科、中医临床基础学科、方剂学学科；江苏省政府重点学科1个——中医临床基础学科。有博士点6个——中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中药学、中西医结合基础；硕士点7个——中医基础理论、中医诊断学、中药学、中医临床基础、方剂学、中医医史文献、中西医结合基础，硕、博士点涵盖了学院所有的中医基础学科和现代医学基础学科。在课程与教材建设方面，学院有国家精品课程1门，江苏省一类优秀课程2门，二类优秀课程2门；国家推选研究生使用教材1门，主编《中医基础理论》、《方剂学》、《温病学》、《病理学》等中医院校统编教材、规划教材。学院主办江苏省品牌专业——中医学专业，包括中医学（中西医结合）、中医学（临床医学）、中医学（国家理科基地班）、中医学（医学生物技术）等一批专业方向，目前在院本科生1537人，博、硕士生162人。

学院在精心组织教学的同时，以重点学科为龙头，结合各自的专业，充分发挥自身的特点和优势，积极组织广大教师申报各级各类的有关科研课题，潜心进行科学研究。目前在研科研课题53项，其中，国家科技部重大基础研究前期课题1项，国家自然科学基金课题4项，单项经费达到50万元。继《中医方剂大辞典》、《中华本草》出版后，又一部跨世纪大型中医药学著作——新世纪版《中药大辞典》已正式开编。