学校有两个校区（汉中门校区和仙林校区），共设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、
高等职业技术学院、成人教育学院和
国际教育学院（港澳台培训中心）等12所学院。有中医学、中药学、中西医结合学3个博士后科研流动站、16个博士点和19个硕士点，有3个七年制学、硕士连读专业，17个本科专业，30多个专业方向；现有各类在校生逾万人，其中研究生一千余人，各类留学生近千人，成教学生3500人，高职本科学生近400人。
学院办学历史达50年之久，为全国建校最早的高等中医药院校之一，是现代中医药高等教育模式的确立地和推广地之一，现为江苏省重点高校、世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、
国家人事部、全国博士后管理委员会批准的全国首批3个中医学
博士后科研流动站建站单位之一，具有博士生导师自审权和主要学科专业的教授评审权。学校同时为江苏省文明单位、高校党建与思想政治工作先进单位和首批高校校风建设优秀单位。
成人教育学院设有业余、夜大、全脱产、自学考试等多种办学形式。承担师资进修以及受有关主管部门委托举办各种专业证书教学班、进修班、培训班等任务，为国家培养了一大批高质量应用型的专门人才。欢迎广大考生报考南京中医药大学成人教育学院!