成立于1988年的
南京出版社是江苏省
南京市市属唯一的地方城市综合性
出版社，是
南京出版传媒集团旗下核心企业。建社以来，秉承“做优做精”的宗旨，始终把坚持特色、面向市场、打造精品作为提高市场竞争力、实现可持续发展的中心工作来抓，策划出版了各类新书3700余种，总印数1亿多册，包括各类学术精品专著、面向大众的普及图书、具有名牌效应的教辅类图书，以及一大批反映南京历史文化的特色精品图书，形成了自身的品质和特色。先后有300多种图书获得中宣部“五个一工程”奖、
中国图书奖，以及各级各类奖项。
历史沿革
成立于1988年的南京出版社是江苏省南京市市属唯一的地方城市综合性出版社，是
南京出版传媒集团旗下核心企业。
组织机构
重大选题出版部
主要职能：主要负责重点
图书的选题
策划、编辑加工、
资源维护等。
一般图书中心
主要职能：主要负责一般图书的选题策划、编辑加工、资源维护等。
第一编辑部/第二编辑部
主要职能：主要负责教辅图书的选题策划、编辑加工。
市场部
主要职能：主要负责图书的市场开发、发行渠道的建立和维护；负责库存图书的管理；负责图书收、发、退货的协调及统计、核对、结算等。
综合管理部
负责组织协调出版社日常行政管理工作；负责出版社重要会议、活动的会务组织工作；负责人事、保密、文书档案工作；负责编辑管理工作；负责选题计划的编制、整理、上报工作；负责出版合同、书号、样书、书稿档案、版权、图书评奖、审读等编务管理工作；负责图书生产情况的综合、分析和协调等工作。
美术编辑部、财务部
略。
现任领导
卢海鸣：南京出版传媒集团总经理、党委副书记、南京出版社社长
主要业务
《金陵全书》系列
《
金陵全书》是距今600多年前明朝中央政府在南京编纂《永乐大典》以来，南京地方政府对南京文献的首次系统编纂整理。同时，也是南京自行组织编纂的最大规模的出版工程。
南京作为世界著名的历史文化名城，在
中华文化发展史上有着特殊地位和重要影响，南京的历史文献也是中华历史文化、
世界文化遗产的重要组成部分，是全人类的共同财富。南京利用得天独厚的历史文化资源，将分散在全国各地的南京文献进行系统搜集整理，汇编为《金陵全书》影印出版，体现了南京市委、市政府领导的历史责任感和
远见卓识，体现了市委、市政府领导的高度文化自觉，是贯彻科学发展观的重要举措，在全国具有先导作用。
《金陵全书》分甲、乙、丙三编。其中甲编是方志类，包含南京历代府志、县志、专志；乙编是南京历代方志以外的史料；丙编是南京珍贵的历史档案。
《金陵全书》为大16开，硬封布面精装，甲编、乙编、丙编三大类分别用深蓝、墨绿、棕色3种颜色区分，每册800页左右，全部采用原大影印和部分双色印刷。封面书名“金陵全书”4字集东晋书法家王羲之字，展现了南京城的古朴与厚重。整个编纂将用15年左右的时间，平均每年出版20册以上。
《中国战区受降档案》
《
中国战区受降档案》（全12册）收录原始档案资料4800余页，封面采用布面精装，全彩影印，最大程度地呈现了这批档案的历史原貌，堪称是中华民族的胜利宝典。封面上的英文字母“V”，出自1945年中国战区受降仪式会场——原中国陆军总司令部大礼堂钟楼以及大礼堂内前厅装饰的表示胜利的“V”型标志。
《中国战区受降档案》是自1945年中国抗战胜利以来，第一次系统整理出版的中国战区受降档案，首次全面披露了中国战区受降、128万余日军投降的内幕和经过。作为中国战区受降的重要文献，本书重点收录了当时中国战区和各受降区受降的综合报告类档案、文电、地图以及历史照片等原始文献资料，集中反映了从1945年8月到1946年2月中国政府对128万余日军实施受降，及对各地日伪机关、产业、物资等进行接收的实际情况，是对中国战区受降历史的一次全面展示，对研究
第二次世界大战中的中国战场具有重要的参考价值。
《南京大屠杀死难者国家公祭读本》
为配合
南京大屠杀死难者国家公祭日活动的开展，
南京市教育局、
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆与南京出版传媒集团组织有关专家、教师编写了《
南京大屠杀死难者国家公祭读本》，包括《血火记忆》《历史真相》《警示思考》三册，分别供
小学、
初中、
高中学生阅读和学习。
《历史真相》以“铭记历史、缅怀先烈、珍视和平、警示未来”为主题，内容包括战前的南京、
南京保卫战、
南京大屠杀、救援与揭露、历史的审判、记忆与公祭六部分。以全面展现史实、增进历史认知为目的，每部分均包括导读、正文、链接史实、活动建议四方面内容。按照历史发展的时序，采用“点线”结合的呈现方式，通过“点”与“点”之间的联系，构成较为清晰的“线”，帮助学生在掌握相关历史事实的基础上理解历史发展的过程。
《血火记忆》的读本小学版，分为：浴血守城、灾难降临、人性光辉、正义审判、珍视和平、国家公祭六个部分。告诉小学生应该进一步了解历史真相，铭记历史教训，更好地建设和平未来。
《警示思考》采取“专题-探究”结合的方式，将这段历史分为“对南京保卫战的分析”、“对日军暴行的思考”、“对安全区的解读”、“对历史的反思”、“对国家公祭的认识”五部分，设置了课堂阅读、自主阅读、自主思考等环节，以典型历史材料和相关解读对这些专题进行全方位、多角度探讨，力图通过探究和思考这些具有思辨性的专题，提升
历史思维能力，进一步形成善待生命、追求
和平的
人文主义精神，以启发学生对
中华民族及全
人类命运的深层思考。
社会荣誉
南京出版社先后有300多种图书获得中宣部“五个一工程”奖、中国图书奖，以及各级各类奖项。出版的《南京百年城市史》（1套13本）《南京保卫战史》《掌握命运创造历史的哲学——对中国马克思主义哲学范式的研究》《希腊遗教：艺术教育与公民德行》4种图书分别获得2013年华东地区优秀
哲学社会科学图书一、二等奖。