南京医科大学管乐团是在
陈琪校长的倡议下，在陈国钧书记，周亚夫副书记、副校长等全体校领导及老师的关心下，于2002年10月正式成立。
乐团主要聘请王永敏（管乐团艺术总监、常任指挥）、
徐志廉（管乐团首席客座指挥）、陆铭等省内知名艺术家任教。南京医科大学学生管乐团接受校团委的直接领导，并于2004年3月成立了直属团支部。乐团成立十余年来，编制不断完善，演奏水平不断提高，现有人数80余人，为全部来自各个学院的普通学生。
在全体指导老师和乐团成员的共同努力下，学生管乐团的学员已将《玫瑰狂欢节序曲》、《
红旗颂》、《欢迎进行曲》、《南京医科大学校歌》、《世纪序曲》、《五声神韵》、《
北京喜讯到边寨》、《鹰之眼》、《非洲桑巴》、《Fanfare and Furiosity》等二十余首曲目排练成熟，具备了一定的演奏水准。2004年11月，我校学生管乐团正式被
江苏省教育厅授名为“江苏省大学生艺术团南京医科大学管乐团”，2006年12月
江苏省管乐学会授予我校学生管乐团为“江苏省管乐学会团体会员”单位。在日常训练方面，学生管乐团实行严格的考勤制度，并制定了《南京医科大学学生管乐团考核条例》，明确规定对考核合格者授予4个学分。
乐团每年承担学校重大活动的迎宾及司礼任务，如新生开学典礼、运动会开幕式、校园科技文化艺术节开幕式、毕业典礼、庆祝建校八十周年师生共建文艺晚会等。且多次举行高雅艺术进校园的演出交流活动，已到过
中国药科大学，
南京工业大学，
金陵科技学院、连云港
新海高级中学等省内院校。管乐团的每位成员发扬吃苦耐劳、勇于拼搏的精神，不仅得到全校师生的一致认可，还为学校赢得了荣誉。
乐团连续四届获得“江苏省大学生艺术展演活动”器乐比赛一等奖，并于2015年3月，作为
江苏省唯一一支器乐类参赛队伍赴天津参加中华人民共和国第四届大学生艺术展演，以一曲昂扬向上的《鹰之眼》一举夺得最高奖项——一等奖。该曲为美国知名作曲家Ed.Huckeby 所作，乐团系全国首演，被专家领导称赞“首次出线，一举夺魁！”乐团在成立初期就不断探索新的演奏形式，与我校学生民乐团倾力合奏完成二胡与管乐《江姐》，使民乐与管乐得到完美融合，并得到省内专家的一致赞赏。在刻苦训练的同时，乐团积极开展对外交流活动，2006年5月，乐团成员与荷兰飞利浦乐团进行交流，并得到荷兰乐队的一致认可。2008年9月，乐团参加“两岸学术艺术交流访问团”活动，与来自台湾的
中国医药大学进行学术艺术的交流。2012年与比利时皇家布特林交响管乐团交流。乐团参加每年学校举办的新年音乐会向全校师生汇报一年的训练成果，也给全校师生呈现一场精彩视听盛宴。此外，2009年6月，乐团赴荷兰参加2009梵高国际音乐节，并获得组委会唯一的一等奖，为学校赢得了荣誉。