2005 年5月，南京大学创建了中国大陆高校首家“人文社会科学高级研究院”（以下简称“高研院”），旨在实施该校“综合性、研究型、国际化”的办学理念，搭建超 越院系界限的校级文科平台，打破学科和专业的壁垒，推进问题导向的跨学科研究，形成一个独特的文科科研“特区”。
高研院由南京大学主管文科的副校长负责，设有院长、副院长各一人负责日常工作。高研院下设高研院专家委员会，院内设有“讲座教授”、“特聘教授”和“驻院研究学者”三个层次的研究席位。
高研院组建了若干跨学科研究团队，以问题为核心，组织不同学科学者合作研究，并将研究成果推广到教学领域，形成跨学科专题研究课程。目前已组建了“环境研究”、“媒体与文化研究”、“性别研究”、“城市与空间研究”四个跨学科团队。
高研院广邀国内外大学著名学者前来讲学、授课，并与世界上一些知名高校建立了实质性的学术交流关系。其中“
名家讲坛”和“学术前沿”系列讲座很受师生欢迎。讲座的部分内容刊载于《南京大学学报/哲学社会科学版》“高谈阔论”专栏上。
高研院办有院刊《
问题与方法》（年刊，
南京大学出版社出版）、《
语境化中的人文学科话语》（
北京大学出版社），编有《高研院通讯》（半年刊）。院内设有“
钱存训图书馆”，藏有钱存训、
许倬云等先生赠送的个人珍藏，以及相关专业的中外文图书和期刊。