南京大学灾害性天气气候研究所于1987年在原南京大学热带和副热带天气研究室的基础上成立。

（1）气候的年际和年代际变率特征及相关的大气环流和季风变异规律；

（2）厄尔尼诺（ENSO）、太平洋年代际振荡（PDO）规律、成因及其可预报性；

（3）海温、冰雪覆盖、陆面过程以及温室效应等外强迫因子对东亚及我国气候异常的影响；

（4）发展全球及区域海-陆-气耦合模式。

研究所目前下设低纬环流和季风、海洋大气相互作用 、区域气候变化和预测三个研究室。现有固定研究人员13人，其中教授7人、副教授2人、讲师4人，博士生导师4人，具有博士学位9人，博士后1人，博士生15人,硕士生30人。

研究所近5年来承担国家973、攀登、科技攻关项目共6项，主持国家自然科学基金重点项目4项，在南海季风、青藏高原热力效应、海气相互作用、厄尔尼诺及季节气候可预报性、全球及区域海气耦合模式研制等研究领域，取得了有特色并在国际上产生影响的研究成果。在国内外学术期刊上发表论文150余篇，其中在SCI期刊上发表论文近30篇。

研究所现任所长是杨修群教授，副所长是张耀存教授、陈星教授。