中国铁路上海局集团有限公司南京客运段于2013年12月16日成立。法定代表人杨光,公司经营范围包括：铁路旅客运输，普通货物运输（须取得许可证后方可经营）；运输生产资料购销；装卸、搬运、仓储服务；铁路机械设备租赁，公寓对外租赁，房屋租赁；铁路商务信息咨询；日用百货销售等。

客运段是我国铁路管理体制改革的产物之一，有的铁路局没有设立客运段，而设立了列车段，从原则上来讲两个段的工作职能相同。

北京~扬州Z29/30次

北京~南通Z51/2次

泰州~哈尔滨西Z156/7 Z158/5次（已改为哈尔滨铁路局担当）

合肥~广州东T3089/92 T3091/0次

南通~昆明K136/7 K138/5次

徐州~南宁K161/2次

连云港东（徐州）~广州K304/1 K302次

南京~广州K527/8次

徐州~广州东K677/6 K675/8次

徐州~烟台K762/3 K764/1次

保定~上海K849/52/49 K850/1/0次

乌鲁木齐~连云港东K1352/3 K1354/1次

乌鲁木齐~南京K1538/9 K1540/37次

北京~连云港（东）K1613/2/3 K16141/4次

徐州~合肥T4365/6次

南京~盐城T7772/3/2 T7771/4/1次、T7776/7/6 T7775/8/5次、T7782/3/2 T7781/4/1次

南京~盐城K5736/7/6 K5735/8/5次

徐州~南京K5807/8次、K5809/10次

蚌埠~上海K5821/2次、K5825/6次

上海~连云港东K8356/7 K8358/5次

徐州~江山K8371/2次

徐州~连云港（东）K8373/4次

徐州~连云港东K8379/80次

南京~如东K8392/3 K8394/1次

徐州~连云港东K8395/6次

徐州~连云港东K8399次

徐州（淮北）~合肥K8415/6次

徐州（淮北）~上海K8431/2次

徐州~连云港东K8573/4次

徐州~南通K8599/8600次

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

2022年4月28日，中国铁路上海局集团有限公司南京客运段高铁二车队第四大班组被授予2022年“江苏省工人先锋号”。