南京工业大学生物化学工程实验教学中心可追溯到始建于1958年的南京化工学院化学实验和工程教育平台，作为开设国内首批生物化工专业的高校之一，学校于1985年建立了生物学实验教学平台；1989年成立了国内首家工业生物技术研究所；1995年
国家生化工程技术研究中心落户我校，标志着生物工程实践教学平台得到长足发展；1999年化学实验中心成为江苏省首批“省级教学实验中心”；2005年以来，生物工程实验教学中心、化学实验教学中心和化学工程实验教学中心陆续被评为“省级实验教学示范中心建设点”；2006年，为加强学科交叉、培养具有创新能力的工程应用技术人才，学校将上述三个中心合并组建为校级实验教学中心——生物化学工程实验教学中心。
中心依托
化学工程与技术一级国家重点学科、生物化工和化学工程国家重点学科、
国家生化工程技术研究中心、
材料化学工程国家重点实验室、
江苏省工业生物技术创新中心、江苏省膜工程研究中心、
江苏省工业生物技术重点实验室、中国石化南京工业生物技术联合研究开发中心等学科基地，建成了能满足培养高素质创新工程应用技术人才需要的生物化学工程实验教学平台。
中心聘请2名
中国工程院院士为顾问，拥有
生物工程专业国家级教学团队1个、教育部科技创新团队1个、江苏省“青蓝工程”优秀学科梯队、江苏省科技创新团队1个、省教学名师2名、省“333”工程中青年领军人才4名、中青年学术带头人3名等为代表的高水平实验教师队伍。中心教师积极参加科学研究，先后承担国家973项目10项（主持2项、参与8项），主持国家863项目13项，国家攻关支撑计划项目8项，
国家自然科学基金重点项目3项，面上项目26项。科学研究取得了丰硕的成果，获国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、国家技术发明奖二等奖2项以及省部级奖励32项。