南京市文物研究所成立于1998年，是
南京市文化局、文物局下辖的从事文物保护和学术研究的事业单位，2000年底迁至蒋王庙街6号办公，进入了初步发展阶段。
2001年和2002年，南京市文物研究所成功地对明中山王陵园和岐阳王陵园进行了环境整治，恢复了陵园的历史和文化环境，得到了
联合国教科文组织专家的高度评价；
2001年对栖霞山千佛崖部份石窟进行保护维修后，
江苏省文化厅组织召开了质量评估会，与会专家一致给予充分肯定，国家文物局也下文要求继续对千佛崖石窟进行保护维修；
2001年为
南京市明城垣史博物馆设计、制作了“南京城墙”展览；对钟山六朝祭坛的考古发掘，被评为2000年度“全国十大考古新发现”；
从2000年10月份开始，与
南京市博物馆合作，参与长江三峡的考古工作，已完成六个考古发掘项目；对栖霞山千佛崖窟前建筑遗迹的考古发掘已经结束，揭示了石窟前面的历代遗存，并出土了一批佛教造像残件，为栖霞山千佛崖石窟造像的进一步保护维修和学术研究提供了资料。
此外，2000年―2001年，南京市文物研究所协助
南京市文化局（市文物局）和
中山陵园管理局撰写了申报明孝陵为
世界文化遗产的申报文本；2000年―2002年，协助市文化局（市文物局）编辑出版《南京市文化志·历史文化遗产编》。