南京市社会科学界联合会（简称南京市社科联）成立于1984年7月，是中共南京市委领导下的以推动、协调全市社会科学研究和普及为主要任务的学术性群众团体，是南京市社会科学界的联合组织。

南京市社科联成立于1997年1月，是南京市政府领导下的正局级事业单位，是南京市政府直属社科学术研究机构，与南京市社会科学院（简称南京市社科院）合署办公，第一任负责人为周直（常务副院长主持工作），现任院长为叶南客。

1984年7月11日，南京市社科联成立，全称为“南京市哲学社会科学联合会”，

1995年12月更名为“南京市社会科学界联合会”，办公地点先后设在北京东路41号21号楼市委宣传部内、白下路257号市委党校1号楼内、进香河路35号地质学校内、成贤街114号，

2003年5月办公地点迁至成贤街43号至今。

1996年，南京市社科联由行政编制改为事业编制（16名），实行事业单位的职称、奖金、工资等人事管理制度，内设为办公室、学术学会处、城市科学研究所、南京文化研究所。

1998年，南京市社科院正式组建以后，南京市社科联恢复行政编制（8名），参照国家公务员制度管理。

2002年机构改革，南京市社科联、社科院人员核定编制为26名，其中市社科联专项编制12名，参照国家公务员制度管理，市社科院全额拨款事业编制14名，内设为办公室、科研管理处、学会工作处、经济发展研究所、社会发展研究所、文化与历史研究所。

2005年后南京市社科联、社科院陆续增加行政编制9名，行政附属编制5名，事业编制9名。

2007年9月，南京市社科联社会科学普及工作处挂牌。

2010年12月，南京市社科联成立了机关党总支。

2011年12月南京市社科院新成立了城市发展研究所。

2015年12月南京市社科联获批单独设置社会科学普及工作处。

历任主席为刘平（市委副书记兼）（住会主持工作副主席胡立峰）、李之荣、胡序建（市委副书记兼）（住会常务副主席、党组书记陆剑杰）、汪正生（市委副书记兼）（住会常务副主席、党组书记周直）

姓名： 叶南客

职务： 市社科联主席、党组书记、社科院院长

分工： 主持联院全面工作，兼管人事、财务、安全稳定、计划生育工作，分管社会发展研究所、城市发展研究所、《南京社会科学》杂志社。

姓名： 石 奎

职务： 市社科联副主席、党组成员、社科院副院长

分工： 负责社科普及宣传、行政管理、信息宣传、图书资料管理、单位局域网建设，协助负责组织人事、财务管理、安全稳定，分管办公室、科普工作处。

姓名： 张石平

职务： 市社科联副主席、党组成员、社科院副院长

分工： 负责社团管理、纪检监察、党风廉政和机关作风建设、精神文明建设、信访、机关党建、工会、关工委工作，分管学会工作处、机关党总支。

姓名： 王道德

职务： 市社科联巡视员

分工： 协助负责科普网和单位局域网建设，协助分管科普工作处。

姓名： 张佳利

职务： 市社科联副巡视员、机关党总支副书记

分工： 协助负责机关党建、信访、关工委工作，协助分管机关党总支。

南京市社科联行政编制25名，行政附属编制5名；南京市社科院事业编制23名，联（院）编制总计53名。

2005年以来南京市社科院还先后与有关单位先后联合成立有中国（南京）城市发展战略研究院、河西新城发展研究院、南京市民意调查中心、国际和平研究所、南京市非物质文化遗产保护研究所、江宁人口与发展研究中心、江宁区财政管理创新研究基地、新街口社会管理创新示范区研究中心，栖霞社会管理研究中心、长三角国际经济文化研究中心，南京历史文化研究中心、市社科院—河海大学研究生培养基地，江苏省第一批决策咨询研究基地等研究机构。