南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院。医院现分为钟阜院区和汤山院区两个院区，现有床位1955张。一院两区，统一管理。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。

南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。

钟阜院区座落于市中心，地处鼓楼区钟阜路1-1号，拥有两座现代化的20层门诊病房大楼和医技病房大楼、急诊楼、120急救分站、地下停车场等，建筑面积8万平方米。

汤山院区（南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，增挂江苏省传染病医院院牌，是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的南京市重大公共卫生事件应急救治中心。

1933年7月南京市立传染病医院（由宋美龄基金会创建）

1949年7月南京市立第二医院

1950年 南京市立传染病医院

1968年9月南京市立传染病医院革命委员会

1971年1月钟阜医院传染病区

1974年5月南京市传染病防治院

1984年8月南京市传染病医院

1953年4月 南京市建筑公司门诊部

1954年4月 南京市建工局医疗所

1957年 南京市建筑三公司职工医院

1958年8月 南京市城市建设局职工医院

1960年 南京鼓楼医院分院

1961年10月南京市钟阜医院

1984年7月南京市第二传染病医院

1984年8月南京市传染病医院

1993年挂牌“南京市肿瘤防治院

1996年8月成为“南京铁道医学院附属南京第二医院”

1997年 挂牌“南京市老年病医院”，成为三级传染病医院

2000年 成为“东南大学医学院附属南京第二医院”

2009年成为“三级甲等传染病医院”

2009年5月成为“东南大学附属第二医院”

2011年1月挂牌“江苏省传染病医院”

2016年1月 挂牌“南京市公共卫生医疗中心”，市公共卫生医疗中心同时挂牌南京市第二医院汤山分院

2018年7月成为“南京中医药大学附属南京医院”

2019年6月成为“徐州医科大学南京第二临床学院”

2019年6月挂牌“南京市肿瘤医院”

2023年3月挂牌国家感染性疾病临床医学研究中心江苏省分中心

外科、妇产科、肿瘤科、呼吸科、胸外科、骨科、神经外科、心血管内科、中医科、重症医学科等40多个临床、医技科室

感染病科、结核科、肝病科、综合内外科、重症医学科、一期临床研究中心等10多个临床、医技科室

2021年3月，被授予“2020年度江苏省三八红旗集体”荣誉称号。

2022年，获得2021年度“全国三八红旗集体”荣誉称号。

2022年4月，南京市第二医院团委被授予“江苏省五四红旗团委（团工委）”称号。

钟阜院区：地址：南京市鼓楼区钟阜路1-1号

汤山院区：江宁区汤山街道康复路1号