瓯江口被灵昆岛分为南、北两汊，也叫南口、北口。南口工程即封堵南口、治理河道、改善交通、促淤围垦，是一项综合治理工程。

南口工程二十世纪七十年代就已提出，并实施了灵昆潜坝。九十年代初又一次提出南口工程，论证结果导致了温州半岛浅滩工程的实施。进入二十一世纪后，情况已发生了很多变化。浙江省水利河口研究院（以下简称省河口院）根据全省统一部署编制的瓯江河口水利综合规划，从规划角度重新提出了南口工程。

南口工程若能实施，则对温州市的长远发展有重要的意义。但是，南口工程也因根本改变瓯江口河势，必须深入研究其水文环境和生态环境影响。其中最主要是对防洪泄洪、港口航道、泥沙促淤和湿地、珍稀生物生存条件的影响等。