2015年11月2日，经国务院批准，由南宁高新区托管的南宁保税物流中心正式转型升级为南宁综合保税区，总规划面积为2.37平方公里，分两个区块。通过封闭的架空桥梁相连，主要发展保税加工、保税物流、保税服务等业务。南宁综保区实施封闭管理，验收合格后享受现行综合保税区相关税收和外汇管理政策。2009年12月22日南宁保税物流中心通过国家联合验收组的正式验收实现封关运作。然而，此前单一的保税物流功能已难以满足发展要求，此次成功升级，不仅巩固了南宁综合保税区作为中国西南地区最大的“无水港”的地位，也将助推南宁外向型经济快速发展。

南宁综合保税区规划建设总面积约8平方公里（含配套），包括现有高速公路匝道、银海大道、金坛路、平乐大道以及现有高速公路南半环以南所围合区域，由围网内海关特殊监管区和围网外配套产业区、综合服务区三个功能区组成。其中，海关特殊监管区约3.43平方公里，分三期开发建设，一期约1600亩，二期约2000亩，三期约1500亩；配套产业区约1.5平方公里；综合服务区约1.5平方公里。南宁综保区招商引资与项目建设工作成果丰硕，正在重点洽谈的项目或企业30多个，已入区、拟入区的项目22个，占地面积约2平方公里。

南宁综合保税区规划区域整体纳入高新区建设管理范围，除社会事务管理、征地拆迁安置等工作由良庆区按现行体制负责外，该区域的规划、土地、建设、环保、招商引资等工作由高新区实行统一领导、统一管理、统一推进，高新区管委会按现行行政审批职能行使该区域各项土地规划、财税、建设等审批权限。

南宁综合保税区规划区域整体纳入高新区建设管理范围，除社会事务管理、征地拆迁安置等工作由良庆区按现行体制负责外，该区域的规划、土地、建设、环保、招商引资等工作由高新区实行统一领导、统一管理、统一推进，高新区管委会按现行行政审批职能行使该区域各项土地规划、财税、建设等审批权限。

围绕促进形成连接西南经济腹地和边境口岸、海港的中心枢纽，打造服务于中国—东盟自由贸易区贸易往来的海关特殊监管区和国际经济合作平台，在完善原有保税物流功能基础上，进一步拓展口岸作业、保税加工两大功能，明确产业发展重点，着力打造以电子信息产业为主的现代产业高地、以保税物流业为核心的现代服务业高地、功能完善的现代化城市新片区。

到2017年，开发建设形成规模。围网内一期基本建成，保税物流、电子信息等产业形成集聚带动功能；二期主要干道、供电、供水等基础设施和配套设施加快建设，部分项目加快建设。综合服务区基础设施和配套设施初步配套，城市片区服务中心的商业、信息、文化等功能初步具备。配套产业区基础设施和配套设施基本完善，电子信息、装备制造等产业初步形成集聚效应。完成120万平方米标准厂房建设。2016—2017年，完成征地拆迁、基础设施建设等投入约50亿元。

到2020年，南宁综合保税区开发建设取得重大突破。基本形成以电子信息产业为主的现代产业高地、以保税物流业为核心的现代服务业高地、功能完善的现代化城市新片区，有效带动南宁市产业发展。2018—2020年，完成征地拆迁、基础设施建设等投入约50亿元。