南琅琊郡是南京在南朝时期下辖的一个郡，位于今南京市栖霞区。

东晋大兴三年（320年），晋元帝在江乘县（今南京市栖霞区仙林大学城一带）侨置琅邪郡，初无实土。琅琊郡寄治在江乘县的金城（位于今南京市栖霞区东部）。

东晋咸康元年（335年），桓温任南琅琊郡内史，出镇江乘县金城，请求割丹阳郡江乘县境以立实郡。不久，南琅琊郡正式在江乘县划土立定，江乘县改隶南琅琊郡。辖境约相当今南京市玄武区鸡鸣寺以东，龙潭以西，北至大江地。

东晋咸康七年（341年），割江乘县西境侨立临沂县，属南琅琊郡。

南朝宋永初二年（421年），改为南琅邪郡。

南梁永明年间（483年—493年）时，徙治白下城（在今南京市主城北部）。下辖五县：临沂县、江乘县、兰陵县、承县（建武三年省）、谯县（建元二年，平阳郡流民在临江郡者，立宣祚县，寻改为谯。永明元年，省怀化一县并属。）

南齐永明六年（488年），武帝以为江乘县白下垒（位于今南京市鼓楼区中央门外）依带江山，将南琅琊郡治从金城迁至白下垒，名白下城。

南陈太建十年（578年），废除南琅琊郡。

南陈至德元年（583年），废除建兴郡，重新设立南琅琊、南彭城二郡，为双头郡。南平王陈嶷和信义王陈祗曾任南琅琊、彭城二郡太守。

琅琊王氏是中国古代顶级门阀士族，晋代四大盛门“王谢袁萧”之首（也有称“王谢桓庾”），是中古时期中原最具代表性的名门望族，素有“华夏首望”之誉称。

琅琊王氏开基于两汉时期的琅琊临沂（今山东省临沂市），鼎盛于魏晋时期，史称“王与马，共天下”。南朝以后走向衰弱。《二十四史》中记载，从东汉至明清1700多年间，琅琊王氏共培养出了以王吉、王导、王羲之、王元姬等人为代表的35个宰相、36个皇后和36个驸马和186位文人名仕。

琅琊王氏家族世代居住于琅琊临沂，西晋末年永嘉之乱时衣冠南渡、举族迁居金陵。南渡之后，因对故乡思念的一直都以北土地名为称呼，东晋元帝时，侨置南琅琊郡（今南京市栖霞区）。