南门峡镇，隶属于青海省海东市互助土族自治县，地处互助土族自治县西北部，东接林川乡，南邻台子乡，西与大通县接壤，北依祁连山支脉达坂山，距互助县城15千米，区域总面积224.47平方千米。

从西汉至清代，隶属于安夷、西都、鄯城、大通等县。

民国十九年（1930年），隶属于大通县隆旺乡。

1954年，划归互助县。

1958年，与丰稔乡合并为却藏寺乡，后并入五峰公社。

1959年，分设南门峡公社。

1983年，改设南门峡乡。

2001年3月19日，撤乡改南门峡镇。

2011年，南门峡镇下辖却藏寺、磨尔沟、大老虎沟、祁家庄、西坡、麻其、七塔尔、东沟、尕寺加、西山根、峡口、北沟脑、古边、卷槽14个行政村。

2019年，南门峡镇下辖南门峡镇社区1个社区，北沟脑村、东沟村、古边村、卷槽村、老虎沟村、麻其村、磨尔沟村、七塔尔村、祁家庄村、西坡村、西山根村、峡口村、尕寺加村、却藏寺村14个行政村，人民政府驻什字集镇。

南门峡镇地处互助土族自治县西北部，东接林川乡，南邻台子乡，西与大通县接壤，北依祁连山支脉达坂山，距互助县城15千米，区域总面积224.47平方千米。

南门峡镇境内大部分为高山峡谷、山前平原，地势略为东高西低，北高南低，境内海拔2750—4313米，最高点二俄博山，海拔4313米。

南门峡镇属温带大陆性高原气候，干旱少雨；年平均气温为3℃—4℃，年平均降水量600毫米左右；无霜期平均为112天，年平均日照时数2521.7小时，年辐射量134—147千卡/平方厘米。

南门峡镇境内属小清河水系；主要河流有两条，发源于七塔尔峡、岔巴峡，两条河流汇入南门峡水库，最终汇入沙塘川河，干流总长25千米，流域面积125平方千米。

南门峡镇境内主要矿藏有石英矿，分布在磨尔沟村一带；地下水资源可利用量为1231万立方米。

2011年，南门峡镇总人口19170人，其中城镇常住人口1610人，城镇化率8.3%，另有流动人口103人；总人口中，男性10160人，占52.9%，女性9010人，占47.1%；14岁以下2683人，占14%；15—64岁10796人，占56.3%；65岁以上5691人，占29.7%；以汉族为主，达16352人，占85.3%；有藏族2779人，占14.5%；土族12人，占0.06%；蒙古族21人，占0.11%；回族6人，占0.03%。2011年，南门峡镇人口出生率10.69‰，人口死亡率8.59‰，人口自然增长率2.1‰，人口密度为每平方千米72人。

截至2018年末，南门峡镇户籍人口为19573人。

南门峡镇粮食作物以小麦、青稞为主；蔬菜主要品种有娃娃菜、章丘大葱、菜瓜、荷兰豆等；畜牧业以饲养生猪、牛、羊、家禽为主。

2011年，南门峡镇农业总产值3939.9万元；生产粮食4536.8吨，人均236.7千克，其中小麦18883吨，青稞816吨。2011年，南门峡镇蔬菜种植面积4500亩，产量7200吨，娃娃菜2700吨，章丘大葱280吨，菜瓜4000吨，荷兰豆220吨。2011年，南门峡镇生猪饲养量2.1万头，年末存栏1.1万头；牛饲养6820头，年末存栏4274头；羊饲养2.4万头，年末存栏2.1万头；家禽饲养量3.1万羽。2011年末，南门峡镇有商铺348个，职工148人，主要从事餐饮、销售、加工等。2011年，南门峡镇社会商品销售总额达93.7万元；有城乡集贸市场1个，年成交额16万元。2011年，南门峡镇财政总收入为123.4万元，比2010年增长12%。

2018年，南门峡镇有工业企业3个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市7个。

2011年末，南门峡镇有幼儿园2所，在园幼儿193人，专任教师7人；小学13所，在校生1412人，专任教师84人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，在校生695人，专任教师65人；初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。2011年，南门峡镇财政预算内教育经费166.6万元。

2011年末，南门峡镇有文化站1个，村级文化活动中心14个，各类有图书室15个，藏书1.2万余册。2001年末，南门峡镇学校有体育场14个。2011年末，南门峡镇有广播电视用户5092户，电视卫星接收率达100%。

2011年末，南门峡镇有各级医疗卫生机构19个，门诊部（所）19个，床位138张，每千人拥有病床9.2张，固定资产190万元；有专业卫生人员32人；参加农村新型合作医疗19102人，参合率99.4%。

2011年，南门峡镇农村最低生活保障户数866户，人数2438人，支出249.7万元；国家抚恤、补助各类优抚对象33人，支出19.68万元；有五保户136人，支出23.8万元；残疾人补助180人，支出9万元；参加新型农村养老保险94.08万元，参保率79.14%。

南门峡镇境内有威南公路、柏窎公路2条，西通大通县桥头镇（35千米），东到林川乡（15千米），南抵威远镇（21千米）。

南门峡镇因境内南面有峡谷如巨门雄立，故名。

南门峡镇主要人文景点有南门峡水库和却藏寺；自然景观有大俄博山、尕俄博山、兰却山、青狮山、白象山、十八罗汉山、二龙戏珠山、石龙读经山、龙凤朝阳山等。清代皇家寺院却藏寺，是黄教北方四大寺院之一。

2022年11月15日，入选文化和旅游部公布的第二批全国乡村旅游重点镇（乡）名单。