于1996年批准建立，原为卫生部病毒
性传染病重点实验室，2002 年更名为卫生部传染病重点实验室。
李兰娟院士为实验室主任。
在科技部、卫生部、浙江省政府及托管单位
浙江省卫生厅领导下，在依托单位浙江大学以及浙医一院全力支持下，实现了跨越式的发展，取得了卓越的成绩。作为卫生部唯一的传染病重点实验室，集传染病研究所、临床传染病科、传染病教研室于一体，不仅具有完整的基础研究体系，还有设备齐全、人才济济的临床和教学基地，基础研究与临床诊治紧密结合的优势明显。尤其是近两年，为了争创“
国家重点实验室”，省政府、浙江大学、浙医一院进一步加大对本实验室投入力度，使实验室的环境、硬件设备、配套设施等得到显著的改善，面貌焕然一新。
传染病重点实验室建立了分子生物学、
蛋白质组学、代谢组学、生物信息学等研究平台，拥有研究所需的一系列高精尖大型仪器设备及
生物安全实验室，总价值 6000余万元。针对传染病发病机制、诊断技术和临床救治研究的具体目标，建有人工肝研究等8个研究子平台和感染微生态等16个研究室，面积达7000余平方米，能够较好地满足传染病应用基础和临床研究的需求。经过多年不懈努力，实验室在
人工肝支持系统治疗
重型肝炎的基础和应用基础研究、感染微生态与细菌耐药机制的研究、病毒性肝炎发病机制及防治研究、晚期肝病的肝移植研究、传染病药物治疗学的基础和应用研究、感染相关的免疫学研究、艾滋病免疫重建及防治策略研究、传染病高通量诊断技术等领域打下了坚实的科研基础，研究项目获得国家973计划、863计划、“十五”科技攻关、
国家自然科学基金等资助，成果先后荣获国家及省部级奖励30余项。特别是人工肝系列研究取得重大突破，带动了蛋白质组学、代谢组学和组织工程学等相关研究工作的开展。
重点实验室还拥有260张床位的临床基地,以科研与临床紧密结合为特色。长期从事细菌、病毒感染性疾病及发热待查和疑难危重疾病的临床诊治工作，以“重型肝炎诊治”为优势医疗项目，创建了
人工肝支持系统等一系列特色优势医疗技术，获国家科技进步二等奖，并推广至全国30个省市300余家单位，保证了学科在该领域的国内领先地位。同时，学科较早开展
病毒性肝炎基因诊断和抗病毒治疗，主持、参加多项国际、国内多中心的药物临床验证，积累了丰富经验。另外，学科推进新发、再现传染病的临床诊治研究，为我国公共卫生事业做出了巨大贡献。
重点实验室拥有结构合理的学术队伍，其中院士1名，教授、副教授30名，博士生导师11名，硕士生导师25名，年培养硕士、博士和博士后30名以上，主编教育部《传染病学》等教材及专著20余部，并与国内外知名的大学、研究院所建立了长期合作关系。传染病学科已成为具备雄厚实力和强劲发展态势、拥有优秀学术团队和创业环境的品牌学科。
在传染病重点实验室建设过程中，实验室形成了一整套符合科研管理的规章制度，科研管理实行项目负责人（PI）制，按照“开放、竞争、流动、联合”的原则，从国内外引进了一大批高层次科研人才，加强了与国内外知名的大学、研究院所的合作与交流，与德国吕贝克大学、德国洪堡大学、
英国伦敦大学、英国帝国理工大学、
美国加州大学、
美国匹兹堡大学、香港大学、
日本冈山大学等建立了友好的科研合作关系，研究人员多次应邀在国际重大学术会议上作专题报告，在国际暨欧洲人工器官大会上被誉为国际上最大人工肝组织的“领头人”。多次主办国际和全国性学术会议，包括连续主办四届国际肝衰竭与人工肝学术会议。