卫生部生育健康重点实验室由卫生部于1996年12月20日批准成立，依托于北京大学生育健康研究所。卫生部生育健康重点实验室是教育部“流行病与卫生统计学”重点学科的一部分，为“中美妇女儿童与家庭健康合作项目”执行单位、国际出生缺陷情报交换所成员。实验室编辑出版《中国生育健康杂志》。

实验室主任为任爱国教授，学术委员会主任为严仁英教授。重点实验室由流行病学研究室、监测与数据管理研究室、健康促进研究室、医学生物学实验室组成。主要研究方向为微量营养素与出生缺陷；微量营养素与围产儿死亡等不良妊娠结局；微量营养素对妇女和儿童健康的远期影响；遗传因素与出生缺陷；环境污染物与出生缺陷；出生缺陷和残疾的人群干预及评价；生育健康监测等。

实验室能够进行分子生物学、营养生物化学、细胞生物学和免疫学实验，可提供对外检测服务。包括血液叶酸测定、血液同型半胱氨酸测定、叶酸代谢基因多态性测定、生物标本内病毒DNA检测等。实验室拥有硕士、博士学位授予点，并提供博士后研究职位。