印尼广肇总会于2000年由印尼各地广肇会馆共同商议组建，于2002年正式成立，共有分布全国的20多个分会。

印尼各地的广肇同乡会大约在19世纪80年代也开始纷纷成立。1998年后，华文及中国传统习俗恢复自由。沉寂了32年的华社如雨后春笋重新活跃，印尼广肇总会也在此时应运而生。

2000年8月下旬，印尼椰城广肇安良会馆欢庆成立20周年。在联欢时，印尼椰城广肇安良会馆与其它10个城市的广肇会馆举行了会谈，大家一致认同，各地的广肇会馆应该联合起来，以致能巩固团结，互惠互利，才能步伐一致为同乡谋福利，为国家建设贡献力量

经过两年积极的共同努力和筹备，2002年7月20日，在雅加达召开的印尼全国广肇会馆代表大会中，来自11个城市的四十多位广肇领导人一致决议同意成立印尼广肇总会，印尼文名为Persatuan Perkumpulan Warga Guang Zhao Seluruh Indonesia，简写为PERWAGUZSI。

最初有12个城市的广肇同乡会馆加入，分别为：棉兰、巨港、楠榜、雅加达、万隆、三宝垄、泗水、巴厘、龙目岛、三马林达、麻厘巴版和班格尔马辛。后又陆续加入亚齐、先达、锡江、科伦达路、巴鲁、日惹、坤甸、万鸦老等城市，共20个。

陈伯年当选首届总主席，其后更是连任第二、三届总主席，现任永久资深名誉主席。

2010年7月29至30日，印尼广肇总会全国分会之粤语卡拉OK比赛的初赛和决赛在印尼首都雅加达慈育大学音乐厅举行。此次粤语卡拉OK比赛的参加者中华侨和华裔后代占大多数，也有喜爱中国文化和粤语歌曲的当地友族。印尼广肇总会对此次比赛非常重视，不仅总会与各分会主席到场支持活动的举行，大赛筹委会还专程委托广东省海交会从广东省邀请资深音乐人前往雅加达担任评委。

第五届世界江门青年大会由印尼广肇总会主办，以“畅聚雅加达，共享‘一带一路’新机遇”为主题，旨在推动海外青年精英通过世界江门青年大会平台加强商贸合作交流、积极开拓雅加达及东南亚市场。