厦门大学人类学研究所是厦门大学人文学院下设研究机构之一，其学术渊源和机构基础可以追溯至著名的人类学家林惠祥先生于1934年创办的厦门市人类博物馆筹备处和1951年中央高教部批准成立的厦门大学人类学博物馆以及50年代厦门大学历史系的考古、民族学专门化等。

1931年，在中央研究院史语所民族学组工作的林惠祥先生因携眷在北京长住不惯，故返回故乡担任厦门大学历史社会学系的人类学教授，从事文化人类学和考古学的教学与科研工作。曾出版《民俗学》（1931）、《世界人种志》（1932）、《文化人类学》（1934）、《神话论》（1934）、《中国民族史》（1936）等著作，为人类学在中国的发展作出了巨大的贡献，其中《文化人类学》、《中国民族史》至今仍受到国内外学术界的高度重视。1934年，林先生创办了厦门市人类博物馆筹备处，把自己收集的考古、民族等人类学标本向外开放，从而使该机构不仅成为人类学研究与教学的基地，也成为普及人类学知识的基地之一。

1951年，林惠祥教授将毕生搜集的文物与图书全部捐献给国家，建议厦大设立人类博物馆展览这些文物，并建议成立人类学系和人类学研究所。王亚南校长接受后，呈函华东教育部转呈中央高教部，此年底即获准成立博物馆。于是，1952年春厦门大学人类博物馆设立，1953年3月正式对外开放，首任馆长为林惠祥教授。至于人类学系与人类学研究所的建议，由于当时的政治与意识形态认为人类学、社会学等是资产阶级学科而没被批准，因此林先生成立人类学系和研究所的设想没能实现。 厦门大学人类学博物馆是一所专业性的博物馆，专门收集和陈列有关人类及其文化发展的文物，以说明人类本身的起源演变以及其生活文化的发展历程，同时也集科研、教学和社会教育于一身。其主要任务有四：1、作为人类学的研究机构，进行民族学（狭义的文化人类学）调查，考古调查、发掘和科学研究。50年代初调查了厦门港的蛋民，1958年博物馆的成员还参加全国少数民族社会历史调查。同时也从事福建地区的考古工作，为中国东南区民族学、考古学的研究奠定了初步基础。2、培养民族学、考古学、博物馆学专门人才。当时因向苏联学习，全国院系调整后，在历史系中保留了民族学、考古学等人类学的分支学科的教学与科研。因此林惠祥教授在厦门大学历史系主持考古、民族专门化，开《考古学通论》、《人类学通论》、《社会发展史》、《原始社会史与民族志》等课，培养民族学、考古学方向的人才。1956年，经教育部批准，林惠祥教授曾培养了两名副博士研究生。3、配合教学，供本校民族学、考古学、历史学等课程教学的参考。4、进行社会教育，实施形象化的科学普及工作，供校外和中小学生参观。1958年林惠祥教授过逝后，馆长由叶国庆教授继任，1983年后由陈国强教授担任，1994年后，由庄景辉负责。

1959年，厦大历史系成立考古民族教研室，负责考古、民族学专门化的教学与科研工作。“文革”期间，人类博物馆和历史系的考古、民族学科研、教学一度中断。1972年恢复大学教育，1973年经教育部批准，成立考古专业。1978年6月，恢复人类博物馆。

1978年三中全会后，政治与学术环境有了变化，人类学、社会学等的研究和教学工作开始复苏，有些曾从事人类学研究和教学的人出来提倡恢复人类学事业，并倡议把过去散处于各学科与各单位中曾从事人类学的人组织起来。1979年4月在昆明召开全国民族研究规划会议期间，北京、上海、厦门、广州、武汉等地的代表写了倡议书，提倡恢复中断30年的人类学研究和建立人类学会，有条件的地方还可以成立人类学研究所、人类学系，以培养人类学研究的后继人才。在中国社会科学院有关领导的关心、支持下，1980年6月，在全国百越民族史研究会开会期间，成立了中国人类学会筹备组，9月成立筹委会。鉴于厦大人类博物馆曾一直坚持从事人类学研究的缘故，人类学会筹委会的通讯处就设在厦门大学人类博物馆中。1981年5月在厦大召开“首届全国人类学学术讨论会”时，成立了“中国人类学学会”，学会的秘书处也挂靠在人类博物馆中。在这次会议期间，与会的专家教授认为厦门大学完全具备建立人类学系、人类学研究所的条件，呼吁厦大成立人类学系和人类学研究所，以便为祖国培养人类学教学科研人才。在这种形势鼓励下，1981年8月，陈国强、叶文程向学校提出“厦门大学筹建人类学系的初步设想”，得到学校领导的支持后，于1982年成立筹备小组制定教学计划草案等，并向教育部提出设立人类学专业和建立人类学研究所的报告，同时也开始招收中国民族史硕士研究生,1983年开始招收文化人类学研究生。

1983年教育部批准厦大成立人类学研究所和设立人类学专业，以从事人类学的研究和人类学研究生和本科生的培养工作。1984年2月，厦门大学人类学研究所正式成立，下设人类学与考古学两个研究室，从事文化人类学和考古人类学的研究和中国民族史、文化人类学、考古人类学研究生的教学工作。9月，人类学系也正式成立，下有人类学、考古学两个专业，从事本科生的教学工作，教职员工有36人。1986年招收了第一届人类学专业本科生。厦大人类学系、所成立后，首任所长、系主任为陈国强。1987年陈教授调任研究生院副院长后，系主任由叶文程担任，所长由蒋炳钊继任，陈国强仍兼博物馆馆长。1991年叶文程退休后，系主任由李家添代，其到香港定居后，由吴绵吉代。1994年7月，学校以人类学本科生难以找到对口单位为由撤销人类学系，不再招收本科生，计划中的本科生招生指标让给热门专业，考古专业归并于历史系，人类学专业的教学人员均转为人类博物馆与人类学研究所人员，继续从事人类学的研究和中国民族史和文化人类学方向研究生的培养。

目前人类学研究所所长为郭志超教授，人类博物馆馆长由人文学院院长陈支平教授兼任。人类学研究所下设人类学、考古学研究室和客家研究中心以及资料室等。中国人类学学会、中国百越民族史研究会挂靠在人类博物馆，陈国强教授和蒋炳钊教授分别担任这两个全国性学会的会长。全所现有在编人员16人，其中教授、研究员3人，副教授、副研究员5人，讲师或助理研究员4人，办公室、资料室人员4人。建所以来，已承担了国家级课题16项，省级课题11项，横向课题9项。出版各类著作68部，论文800多篇。获得国家图书奖提名奖1项，光明日报光明杯社科优秀成果三等奖1项，国家教委首届人文社科优秀成果二等奖1项，华东地区优秀政治理论图书奖2项，省社会科学优秀成果二等奖3项，三等奖7项，优秀成果奖1项。