厦门航标处隶属于上海海事局，是所辖区域内的航标管理机关，现设有办公室、航标科、技术研发中心、运行保障中心、财务科、政工科和工会共7个内设机构。

厦门航标处的管辖范围为东经117°14'E线向东延伸、北纬23°30′N～25°06'N纬线之间的海域，负责台湾海峡西岸北起湄洲湾、南至诏安湾183海里岸线海域公用干线和重要港口航标的建设、维护和管理工作。辖区内各类航标数量为328座（公用标259座、专用标69座），其中包括灯塔10座、灯桩128座（专用标19座）、导标10座、立标6座、灯浮133座（专用标37座）、桥涵标10座、DGPS台站1座、雷达信标21座（专用标1座）以及其他航标9座。同时航标处还配备有900吨中型航标作业工程船、120吨小型航标巡检船、航标高速巡检艇和两座航标专用码头。