生色团是指分子中含有的，能对光辐射产生吸收、具有跃迁的不饱和基团及其相关的化学键。某些有机化合物分子中存在含有不饱和键的基团，能够在紫外及可见光区域内（200～800nm）产生吸收，且吸收系数较大，这种吸收具有波长选择性，吸收某种波长（颜色）的光，而不吸收另外波长（颜色）的光，从而使物质显现颜色，所以称为生色团，又称发色团（chromophore）。

分子吸收通常表现为n→π*和π→π*跃迁，因而吸收范围多在200～800nm之间。如果分子中含有两个或多个共轭的生色团时，分子对光的吸收移向长波方向，共轭体系越长，吸收光的波长越长，当物质吸收光的波长移至可见光区域时，该物质就有了颜色。如果在同一分子内有几个发色团，或有称作助色团的另一基团存在时，则颜色往往较深。助色团是含孤对电子的基团，如氨基、羟基和卤代基等。这些基团与生色团上的不饱和键作用，使颜色加深。

这类基团与不含非键电子的饱和基团成键后，使该分子的最大吸收位于200nm或200nm以上，摩尔吸光系数较大（一般不小于5000）。简单的生色团由双键或叁键体系组成，例如，>C=C<，>C=O，-N=N-，-C C-，-C N-等。分子结构的某些基团吸收某种波长的光，而不吸收另外波长的光，从而使人觉得好像这一物质“发出颜色”似的，因此把这些基团又称为“发色基团/发色团”。例如，无机颜料结构中有发色团，如铬酸盐颜料是（重铬酸根），呈黄色；氧化铁颜料的发色团是呈红色；铁蓝颜料的发色团是呈蓝色。这些不同的分子结构对光波有选择性的吸收，反射出不同波长的光。

染料的颜色取决于其分子结构。按Witt发色基团学说，染料分子的发色体中不饱和共轭链（如-C=C-、-N=N-、-N=O）的一端与含有供电子基（如-OH、-NH2）或吸收电子基（如-NO2、>C=O）的基团相连，另一端与电性相反的基团相连。化合物分子吸收了一定波长的光量子的能量后，发生极化并产生偶极矩，使价电子在不同能级间跃迁而形成不同的颜色。一般来说，染料分子结构中共轭链越长，颜色越深；苯环增加，颜色加深；分子量增加，特别是共轭双键数增加，颜色加深。

例如苯的衍生物具有可见光区吸收带。这些衍生物显示的吸收带与其价键的不稳定性有关，如对苯二酚为无色，当其氧化后失去两个氢原子，它的分子或则变为有黄色的对醌，这种产生颜色的醌式环就是发色团。若一种化合物含有几个环，只要其中有一个醌式环就会发出颜色，称此发色团为色原（chromogen）。

可用于显色反应，有机显色剂分子中含有生色团（chromophoric group）和助色团（auxochrome group）。 常利用蛋白质含有的生色团进行光谱学检测，研究蛋白质性质。蛋白质主要的生色团为色氨酸，酪氨酸和苯丙氨酸。

绿色荧光蛋白的生色团由三个连续的氨基酸所构成，在野生型绿色荧光蛋白中分别是65、66、67位的Ser-Tyr-Gly所构成。之前的研究一般认为绿色荧光蛋白中荧光基团的形成首先需要多肽链折叠成一个接近天然构象的结构。折叠完成后，Gly67的氨基氮N67亲核攻击Ser65上的羰基碳C65，环化形成一个不稳定的五元杂环中间体，再经过脱水以及氧化，形成生色团。不过Wachter等人在2006年则报道了另一种可能的机理，即形成不稳定五元杂环中间体的过程是可逆的，而且接下来的过程是中间体先氧化后脱水，并给出了比较可靠的实验支持。在前一种机理中，Heim和Pransher等人提出，当环化中间体形成以后，中间体先脱水，再在氧分子的作用下脱去Cβ66上的一个氢，形成生色团并同时产生一分子H2O2。而在Wachter等人提出的机理中，环化形成的中间体1在分子氧作用下形成稳定的中间体2B，并同时产生一分子的H2O2，接下中间体2B通过脱水失去Cβ66上的一个氢，形成生色团。他们提出这种机理的理由是通过用氘取代Cβ66上的氢，发现脱氢并未发生在氧化阶段。