1624年荷兰殖民者侵占台湾南部，1626年西班牙殖民者入侵台湾北部。

荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司，发动一连串战争，以夺取西班牙、葡萄牙于东亚的殖民地。后来荷兰人在雅加达、安汶、平户等地陆续开设商馆，惟与中国贸易进展不顺。

1571年，西班牙人在马尼拉建立殖民地后，就以此地为东亚贸易的中心，逐步征服菲律宾其他岛屿。虽然台湾很靠近吕宋岛，但西班牙人选择往南方的民答那峨岛、摩鹿加群岛扩张，并无意占领台湾。等到丰臣秀吉打算以台湾为跳板进攻吕宋岛，西班牙人才体会到台湾的战略价值，不少官员催促马尼拉当局占领台湾，不过也有人反对，最后只派舰队去侦查，却遇上恶劣天候而无成果。后来丰臣秀吉于1598年去世，马尼拉当局眼见威胁已缓和，不再打算占领台湾。

到了17世纪初，马尼拉当局的威胁很快就从日本人变成荷兰人。荷兰因为荷兰独立战争和西班牙敌对，所以荷兰人扩张到东亚后，考量马尼拉的繁荣来自中国的丝以及美洲的白银贸易，首要之务就是攻击这两地出入马尼拉的船只。不过仍有华商愿意冒险前往马尼拉，让荷兰人了解只靠封锁马尼拉并不够，因此改变战略，决定在靠近中国的地方建立据点，抢走菲律宾群岛的对华贸易。然而荷军夺取澳门与澎湖的作战都告失败，便转进南台湾的大员。这时马尼拉当局才察觉事态严重，为了对抗荷兰人，也决定在台湾建立据点。

1604年，韦麻郎（荷兰语：Wybrand van Warwijck）打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，占领澎湖。但明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。

1622年，柯恩总督获知西班牙人意图占领台湾，遂派雷约生（荷兰语：Cornelis Reijersen）率领600人进攻澳门，若失败则转往澎湖或台湾设立贸易据点。只是荷军遭西班牙、葡萄牙联军顽强抵抗，损失惨重，雷约生遂转占澎湖，并在风柜尾筑城。1624年南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和炮台

15、16世纪，欧洲国家对外扩张势力，开辟往东亚的新航路，发现美洲新大陆，缩短了亚洲与欧洲的距离，世界从此进入海权时代。在海权争霸的国际环境下，台湾被迫走入新的历史时期，进入近代的世界史。

17世纪初，除了一些零星的汉人、日本人、海盗游走进出于台湾之外，西方重商主义国家也开始注意台湾。此时远东海面已成为欧洲三国角逐的形势∶租得明帝国之澳门的葡萄牙、殖民菲律宾吕宋岛的西班牙、盘踞爪哇的荷兰，在远东海面展开商业和殖民的竞争。

从1624年荷兰东印度公司部队登陆大员，开始占领台湾算起，一直到1662年明帝国延平郡王郑成功逼迫荷兰末代总督揆一献城投降为止，前后一共有38年。

台湾荷兰统治时期

台湾荷兰殖民统治时期为1624年至1662年，台湾受荷兰东印度公司之殖民统治期间，也为第一个有系统统治台湾的政权。此时正逢地理大发现，欧洲强权纷纷前来东亚贸易，并建立殖民地，

在原住民的治理方面，起先荷兰人以发展贸易为重，无力扩张。等到1635年起，荷兰殖民当局对外贸易开始稳定，才发起征服行动，与原住民部落订定麻豆协约，确立荷兰人为领主、原住民为封臣的封建关系。荷兰人透过定期召开的地方会议（英语：landdag）（荷兰语：landdag），维系双方的封建关系，并任命原住民首长，确立原住民社会的正式领袖，以协助荷兰人推行政令。透过地方会议，荷兰人也将原本以个别村社为政治实体、彼此攻伐的原住民部落，统合成互相联盟的联合村（荷兰语：Verenigde Dorpen），置于荷兰主权之下。荷兰人便借由攻击联合村的敌对部落，让原住民出草，使得双方的关系更为紧密。

1640年代以后，台湾殖民地的行政支出不断地暴涨，收入也逐渐从转口贸易转移到本地税收。为此，荷兰人开始新增各种税收，加上1650年后许多农民赖以维生的甘蔗业开始衰退，汉人对于荷兰人的统治越来越不满，引爆了郭怀一事件。事件平息之后，荷兰人并没有更改整个殖民地的结构，依然以剥削汉人劳力为经济发展基础。然而郑成功崛起于福建沿海，为荷兰人创建的荷汉殖民地带来新的变数，郑成功于1661年开始收复台湾，翌年荷兰人为其所击败，退出台湾。